3004年7月25日，华夏帝国（以下称帝国）对旭日帝国发动武装吞并，3005年8月15日旭日帝国战败，成为华夏帝国瀛洲省。而位于日本境内的学园都市也因AIM扩散力场被帝国军隔绝而被帝国攻下。而我们的故事，就要从这个时代说起……

第一章：发现
一片黑暗的日军地堡里，突然爆出了一阵强烈的光，紧接着，爆崩豆似的枪声响了起来，甚至还有几声爆炸。几名士兵从亮得恍眼的光中冲到黑暗的地堡里，然后用力关上了地堡的门。
“真倒霉，这儿居然还有日本人的动力装甲(对学园都市驱动铠的误认，帝国也有类似的东西)，嘿嘿，就让它们和06(指帝国装备MS-06扎古II，出自机动战士高达)慢慢玩去吧!是不是，队长？”其中一名脸上有刀疤的士兵抹了抹脸上的硝烟灰，嬉皮笑脸地对另一名说道。那刀疤是他在一次军演中划出来的，看着凶恶，其实他可是小队里的活宝，是个记吃不记打的家伙。被叫做“队长”的士兵看都没看刀疤脸，打开自己的STG44突击步枪的战术射灯(帝国装备的STG44都做过改装，主体不变，但是加装了战术射灯，有的还加装瞄准镜。)照向地堡深处。看着很快就被黑暗吞噬的灯光，队长小声对其他士兵说：“兄弟们，打开你们的灯，我们到地堡里边看看，小日本藏的这么严，一定有什么秘密。跟紧点，别掉队。”说完端起步枪向地堡深处走去。

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队长带着自己的10多名队员们在地堡过道里慢慢移动，不敢有丝毫懈怠。外面有日军残部，不代表地堡里面没有。走了不知多久，终于，他们来到了一道防爆门前。“这门和地堡大门是同一种防爆门，这门后面绝对有东西。”一名带着单片眼镜的党卫队员上前看了看防爆门，扭头对队长说道。“不管后面装着什么玩意，把门炸开，不就都是我们的了吗？”刀疤脸满不在乎的一边说着，一边抚摸着自己背着的“铁拳”150反坦克榴弹发射器。队长白了刀疤脸一眼，转回头看着防爆门，摸着防爆门说:“炸不开的，这种地堡是防空用的，这种防爆门可以承受1000kg航空炸弹的攻击。就凭你的“铁拳”，不可能炸开。”
“那你说怎么办，打不开门可就白来了。”刀疤脸着急了，急忙问道。
正在大家发愁时，另一名党卫队员突然喊道：“这里有电子锁!”闻言，大家都聚过去看。这是一个刷卡式的电子锁，需要有特殊的磁卡才能开启。
“开锁的方法有了，可是没卡啊！”刀疤脸抱怨着。就在这时，一发子弹打在防爆门上，普通的步枪子弹不可能穿透防爆门，子弹在防爆门上擦出一道火花就被弹入了黑暗中。

队长转过身子，大喊一声：“隐蔽！”大家迅速向地堡过道两边的箱子、机器后躲去。队长从一堆箱子后面探出头来，看向子弹来的地方。这时，又一发子弹打来，直接打进了一个木箱。队长缩回头，对旁边的刀疤脸说：“对面貌似就一个人，用的肯定是有坂三八式步枪，不用害怕。”刀疤脸换上了一张严肃的脸，对队长点了点头。“他躲在掩体后面，匍匐前进，用手榴弹直接干掉他！”刀疤脸小声对队员们说。说着，他拔出了插在腰间皮带上的M24手榴弹，其他党卫队员也纷纷拿出了手榴弹。“不用这么多，他只有一个人，用的也是单发步枪，‘大棒槌’和王越跟我过去就够了。”说完，刀疤脸趴到地上，慢慢的向子弹来的地方匍匐前进。“大棒槌”和王越也跟在后面。他们出去的同时，队长还用突击步枪开火吸引对方注意力。慢慢地，他们爬到了一面钢筋混凝土矮墙前，刀疤脸首先扔出了手榴弹，“大棒槌”和王越，也同时扔出了手榴弹。墙后传来一声惊呼，随后还在冒烟的手榴弹被扔了回来。刀疤脸急忙捡起扔了回去。手榴弹刚刚进墙，就爆炸了。墙后的声音沉寂下来。刀疤脸慢慢从矮墙侧面转到矮墙后面。发现对方已经被炸死了。

刀疤脸用战术射灯向队长示意。 队长与其他队员见此都从掩体后出来走向矮墙。
“是个日本学生，看起来跟咱们前两天看到的学生是一个学校的。”单片眼镜看了看尸体，对队长说道。“唉，日本人真是疯了，居然无耻到让学生上战场！”一名党卫队员叹了口气说道。队长只说了一句“这是战争”，紧接着又像是想起了什么，蹲下在日本人的身上翻找起来。“大家想起了那个电子锁，连忙问队长学生身上有没有磁卡。终于，队长在校服内侧的口袋了翻出了一张磁卡。上面贴着这名学生的照片，磁卡最上面写着“樋口製薬·第7薬学研究センター”字样。
“终于找到了,走吧。”队长站起来，转身向防爆门走去。其他队员也跟着队长走了。没有人再看那句学生尸体一眼。

那卡果然是电子锁的钥匙，门开始打开的时候，大家在心里都有点感谢那名“送卡”来的日本学生。
门打开了，里面的东西却让这群党卫队员惊讶不已。
房间里面是排列地整整齐齐的培养罐，由于数量太多，他们没能立刻清点出数量，大概数量在10000罐左右,不禁让大家怀疑这个地堡有多大。队长走到靠近门口的控制台，查看了一下电脑,“还好，还能用。”队长转过头，对刀疤脸说,“你带两个人，去找找发电机。”刀疤脸点了点头，带着“大棒槌”和王越去找发电机了。

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刀疤脸没费什么力气就找到了发电机。这种旧式汽油发电机似乎很久没用过了，这让队长非常奇怪，旭日帝国战败也就是这个月的事情，为什么发电机就像很久没用过似的？
“大棒槌”弄来一桶汽油，灌到了发电机的油箱里，刀疤脸用力一拉铰链，发电机发出了轰鸣声。王越找到了电灯的开关。
电灯一打开，培养罐里的东西吓了这些党卫队员一跳。培养罐里装的都是人！没开灯时由于光线暗，他们没看出来里面是什么东西。现在突然出现在他们眼前，着实把他们吓了一跳。
这些人似乎都是女孩，棕色的短发在营养液里飘动，说不出来的美丽动人。
队长一直盯着控制台的电脑，他在查找资料。紧接着，单片眼镜拿出一个U盘，递给队长。队长接过U盘将资料全部下载了下来。
刀疤脸也被吓了一跳，他用手捅了捅队长，结结巴巴地问道：“老、老秦，这些、到、到底是、什么人？”
队长望着这么多的培养罐,说：“根据日军资料来看，这些都是克隆人。”“克隆人？国际不是立法不许制造克隆人吗？”王越感到奇怪。“国际法要是管用，咱们也不会这么快就吞并日本啊。日本人什么事干不出来？国际法，切，连制定者都不遵守，谁还信呐。”刀疤脸已经从最初的惊吓之中恢复过来，满脸不屑的说。

“总之，从现在开始，这些克隆人都是帝国的财产了，大家要严格保密，知道吗？”队长从控制台前转过身，看着队员们说道。“明白！”“现在，我们先出去，超自然研究部的人还在等我们呢。”队长扭头看看房间外的地堡通道，对大家说“嘿嘿，不知道外面那些动力装甲怎么样了，估计被06打得妈妈都不认识了，嘻嘻。”刀疤脸又开始耍贫嘴了。 大家笑笑，开始向地堡大门走去。

第二章：“妹妹们”
通过党卫队带回来的资料与审讯日军科研人员，党卫队得知了关于这些克隆人的来龙去脉。这些都是学园都市超能力者(Level5)的克隆人，由于日本战败，被封存在地堡里保护起来。
帝国不是没有开发过克隆人，但每次都以失败告终，得到的都是一些可怖的畸形儿。现在，获得了这么多完成度极高的克隆人，自然欣喜若狂。
帝国元首凯撒得知后立即命令党卫队超自然研究部利用日军科研人员与缴获的日军设备生产克隆人。
党卫队随即将日军设备装船运回国内并自行仿制，3005年12月7日在首都卡罗附近建立了卡罗第一克隆人工厂(化名卡罗第一兵工厂)。
到3006年1月，帝国已经建立了4座克隆人工厂并生产了12000名御坂妹妹，并且仍在继续生产。
所生产出来的御坂妹妹全部编入新成立的特殊部队——党卫队“元首警卫旗队”特别冲锋队。冲锋队领袖为Accelerator,他曾经是学园都市的第一，在帝国军进攻学园都市时就加入了帝国军一方，现在担任冲锋队领袖。冲锋队总指挥为Last Order，她是妹妹们的司令塔，在Accelerator加入帝国军时随之出现。冲锋队副总指挥是Misaka Worst，她同是Accelerator加入帝国军时随之出现。

这部分基本都是叙述，到后半段对话就会多起来。

后面是雷震子电磁炮的事。对话也不太多。对话要到克隆人工厂那一部分才会多起来

3006年1月，试作大型电磁轨道投射炮“雷震子”试制完成。“雷震子”是一门搭载在两艘大型齐柏林飞艇的大型电磁炮，使用280mm岸防炮炮弹。射击时甚至需要使用反后坐力火箭抵消一部分巨大的后坐力。虽然威力巨大，但其巨大的耗电量使帝国军望而却步。而此时，有人提出，用御坂妹妹做用完即弃的一次型蓄电池!
由于“雷震子”耗电量巨大，一个御坂妹妹射击一次之后就会因大脑过载而死。对此，帝国军内部产生了分歧。一部分人对“雷震子”的作战效能产生怀疑。另一部分则认为御坂妹妹的造价高达1万帝国马克，一万元的蓄电池也未免太奢侈了点。只有极少数的人认为不该这样对待御坂妹妹，可几乎没有人回应。在双方僵持不下时，提案得到了帝国元首凯撒的支持。但只允许实验一次。