系统性疾病因素
口腔扁平苔癣的发病因素有很多，在患者中有很多都伴有各种不同的全身性疾病或症状，不少患者发病及病情发展与某些系统疾病存在有关，如糖尿病、肝炎、高血压消化道功能紊乱等。
遗传因素
有人发现口腔扁平苔癣有家族史倾向，不少学者进行了家系发病研究，但系谱分析不符合单基因遗传规律。现多从HLA(人类白细胞抗原)方面进行研究。在家族性扁平苔藓患者所携带的HLA型基因，明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，说明扁平苔藓发病可能与遗传因素有关。
口腔扁平苔癣的患者，可能是由于一些心理层次的因素引起的，如果患者长时间处于一个焦虑和不安、烦躁的心态下，是可能会导致口腔扁平苔癣的情况发生的，所以建议患者要乐观和愉悦来对待生活。
口腔扁平苔癣的患者，也有可能是由于一些疾病引起，比如说患者有糖尿病疾病，或者是高血压疾病，甚至可能是由于一些消化方面的功能障碍都可能会导致口腔扁平苔癣的发生，所以要重视相关原发病。