2010年央行发布《非金融机构支付服务管理办法》，许可非金融机构开展支付业务。至今，网络支付业务飞速发展，一方面对经济的发展和日常生活的便利起到了积极的支撑作用，另一方面也带来了一些风险与问题，包括备付金的预付价值归属和安全问题、支付机构违规从事跨行清算问题以及多头连接导致社会资源浪费等问题。针对这种情况，人民银行提出了包括加强监管、打击无证经营支付业务、规范持牌机构业务、建设网联清算平台以及备付金集中存管等在内的一系列风险处置专项方案。
央行于2016年4月牵头开展的非银行支付机构风险专项整治工作，将建设网联清算平台作为一项重点任务。网联清算平台于2017年3月31日启动试运行，当日，首笔跨行清算交易通过微信红包由腾讯财付通平台发起，收付款行分别为中行与招商银行；首笔签约交易验证则由京东支付与中行率先完成。
随后2017年6月30日，网联清算平台正式启动业务切量，财付通成为首家切量的大型支付机构。
同时，“网联清算有限公司”也已经在2017年8月29日正式成立，清算类基础设施从建设到运行通常要花费两年甚至更多时间。而网联清算自2016年8月央行批复筹建后，从设计到研发、启动、试运行，仅仅花了六个月时间。
网联清算平台相关人士表示，“这得益于央行确定的‘共建、共有、共享’的原则，在将近200人的网联清算团队中，近四分之三是从各家支付机构借调而来，人员主要来自上海、杭州、深圳、南京、成都等地。除了人员，各家支付机构也贡献了有自主知识产权的分布式技术组件，甚至贡献了核心技术。