秦始皇死于公元前210年7月的沙丘（今河北省广宗县境内），对于他的死因，有如下几点：
【1】疲劳过度
秦始皇13岁继位，成人后东杀西伐南征北战，灭六国而一统天下，建立大秦称为始皇。之后执政12年，统一度量衡，创郡县制，焚书坑儒，修长城，兴水利，出巡视察，建造皇陵和兵马俑坑，加上幼年体质不好，被软骨病、气管炎和羊羔疯折磨，累得一命呜呼，其在位37，死时49岁。
【2】中毒而死
秦始皇想永保江山千秋万代，渴望长生不老，非常重视一些道士，让他们炼丹自己去享用。炼丹术里有一重要原料，就是汞铅重金属，以此中毒而亡。
【3】忧虑惊恐
传说公元前218年，秦始皇出巡被人行刺，来到阳武的博浪沙附近，突然飞来一只大铁锤，虽然没砸到他，惊恐症自此而起，噩梦连连，无以宁日。公元前211年，在东郡今河南濮阳又发现刻有“始皇帝死而地分”字样的陨石，再添一份忧虑。《史记·秦始皇本纪》记载，说是秦始皇手下一位使者夜经华阴，有陌生人手持玉璧拦住使者，献上玉璧，说句“今年祖龙死”，扬长而去。使者一脸懵逼，回到咸阳汇报给秦始皇。秦始皇细看玉璧，发现是八年前祭祀水神而投到江水中的那块，感到非常不安，为此占卜，只能出巡和迁徙百姓才能避凶趋吉。因此劳累伤神受惊吓而坚持不住，终于病倒身亡。
【4】谋杀而死
秦始皇在第五次出巡中，不慎癫痫发作，头撞青铜冰鉴，大脑受伤。他预感自己不行了，下昭传太子扶苏和功臣蒙恬接他回咸阳。身边大臣赵高和李斯与其不和，他们想立胡亥。暗中把诏书改为“赐死扶苏，蒙恬”。并暗中下手在沙丘今河北广宗西北加害了秦始皇。随后秘不发丧，直待除掉心腹大患。还有的说是连赵高和李斯也没敢提前动手和送昭书，而秦始皇坚持不住在沙丘暴毙，他们“看见始皇的右耳流着黑血，不知什么时候早已经硬得和石头一样了”。郭沫若研究认为是胡亥亲自下得毒手。
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以上为网上所知内容。以下为个人看法，圆梦哥认为：
【5】秦始皇死于病毒感染。
秦始皇幼年身体羸弱，中年争杀不断，登皇之后依然劳顿不断，身心遭到不少摧残，体虚而病侵。尤其登基以来，他患上了严重的疾病，这个病就是当今也会让人谈虎色变的“癌症”。在古代癌症更是绝症，被称为疠，也叫痈，现代所谓的肿瘤。但癌症多种，秦始皇患得哪一种就不好说了，因此这也是历史书籍不知秦皇死于什么病症的原因之一，而且就算御医知道，也不敢对外泄露半句，否则就是灭九族之灾。
秦始皇身患绝症也害怕啊，他听信徐福的话，认为东海仙山有“不死药”可治百病，遂命徐福前去寻觅，还美其言曰求“长生不老药”。
那徐福数年来屡寻仙药不得，怕被砍头，找了种种借口以托词，秦始皇想杀徐福也得不到不死药啊，只好依着他，让他率3000童男童女东渡仙山瀛洲再去寻，那徐福却一去不复返。
而秦始皇的横征暴敛，也激怒很多被灭国的志士，《史记 秦始皇本纪》所描述的那位献玉璧还说“今年祖龙死”的奇怪陌生人，才是杀死秦始皇的第一高手。他把一种古代巫蛊置于玉璧，令秦始皇细看玉璧时，已然中毒，这个蛊毒古称为“疠”，就是一种瘟疫病毒体，秦始皇感染了瘟疫，浑身迅速腐烂发臭，客死于沙丘。传说埋葬秦始皇的士兵也都被活埋，也许就是因为怕他们感染病毒再把瘟疫传染开来。
秦始皇陵墓藏有大量的水银，作用不知是否为了防止瘟疫病毒而设。