农户小规模的加工，一般应采用晒干或者烘干。黄花菜由于含有秋水仙碱，所以在晒干前要把它蒸熟。先将鲜黄花放在筛里，每筛放5—6kg，厚度12—15cm，要求中间略高，四周稍低，呈馒头状，再将中间轻扒个凹，要装得蓬蓬松松，以便受热均匀，成熟度—一致。装好后，把筛放入蒸锅中，通过锅里的水产生热气，来提高温度，当温度达到70—175℃时，维持3—5分钟即熟。晾晒时，将蒸好的黄花菜均匀地摊在竹箔或者苇席上，每天翻动1—2次，第一天要用双席对翻。即用一个空席盖在晒床上，夹住翻转，这样既快又不粘席，花蕾干后粗直不弯曲。尚未半干时不能手翻，以防干后卷曲，一般两到三天即可晒干。
如果采摘后遇上阴雨天，农户可以用小型的烘烤房将黄花菜烤干。烘烤房可以根据自己的条件酌情搭建，便于烘烤即可。由于烘烤也是一个高温处理的过程，烤干的黄花菜中的秋水仙碱也基本上被破坏掉了。别小看了这个烘烤房，有了它，下雨天就不必再用硫磺熏或者焦亚硫酸钠淹渍等容易产生残毒的方法来处理黄花菜了。
至于企业大规模的加工，则要建立专门的车间，用大型的带式、箱式或者隧道式烘干装置来进行加工，才能满足连续生产的需要。
目前最先进的加工技术，要数低湿速冻保鲜和低温冻干技术，它适合大型工厂化生产，实现了黄花菜加工标准化、工业化、规模化生产。采用低温速冻保鲜工艺，黄花菜首先要采用气泡清洗工艺，洗去黄花菜上面的灰尘和污物。这种清洗方式利用气泡破裂产生的力量，可以起到比普通流水清洗更好的效果。经过清洗的黄花菜，还要采用高温蒸汽杀青去除秋水仙碱。杀青之后的黄花菜要经历常温和冰水两道冷却工序，等黄花菜的温度降到接近零摄氏度后，才送到零下18度到零下25度的环境中，大概保持8分钟时间，完成速冻。速冻后的黄花菜，进行简单的包装以后，就可以送进冷库保存。速冻的黄花菜在冷库里可保存一年不变质，利用冷藏车，就可以常年供应全国各地的市场。
一部分速冻的黄花菜还可以送到低温冻干设备里进行冻干，加工成价格高昂的冻干菜。冻干的黄花菜，一公斤在国际市场上大概能卖到150元人民币。冻干生产线的最关键设备是凝华干燥仓，它是一个很大的卧式圆筒，筒内装有多层加热器，料盘插进多层加热架之间。在升华干燥仓内，环境温度低至零下38度，黄花菜中的水分会发生凝华现象，同时空气循环设备还进行抽真空工作，将凝华的水分抽走。经过48小时左右，黄花菜就会充分干燥，变成成品菜。跟传统工艺最大的区别就是，低温冻干技术可以保持黄花菜的鲜度，颜色，　另一个就是可以最大限度地保存它的营养成分。传统的工艺保存了营养成分的20%左右，低温速冻可以保存95%的营养成分。