第1战斗机大队曾短暂地退出战斗，一方面因为飞机和人员的重大损失，另一方面也由于一些飞行员对政府的反叛，他们厌倦了主要被用于减轻德国空军战斗机的负担而非保卫自己的城市。同时，受制于备件和发动机供应问题〔菲亚特于4月24日再遭轰炸〕，第2战斗机大队开始装备Bf-109G-6战斗机，大部分是新飞机，也有一些是从JG.53第2中队和JG.77第1中队移交的使用过的。飞行员的训练开始于6月。第2大队原来的G.55转交给第1大队，以补充其损失。

与此同时，“布斯卡里亚”鱼雷轰炸机大队正准备进行一次可观的再出击——目标是直布罗陀。为了执行此任务，10S.79于6月3日被部署到法国的伊斯特尔〔Istres〕基地。这次大胆的行动于6月4/5日晚实施，繁忙的港口的灯光使之更加容易得手。意大利人声称击沉4艘敌舰船，共3万吨，另有2艘被击中。由于袭击持续了一定的时间，英国的夜间战斗机进行了截击，没有鱼雷机被击落，但有2架迫降于西班牙领土。此次攻击没有被大肆宣传，因为第二天就发生了盟军在诺曼底的登陆——“霸王行动”。但对直布罗陀的袭击还是证明了“北方”空军的士气和勇气，仍然是一支有效的空中力量。

在最终完成在Bf-109G-6上的训练后，第2战斗机大队于6月24日重新出战，声称击落2架法国“拉法叶特”大队的P-47战斗机，自身无损失。
7月和8月对战斗机和鱼雷机部队来说都是繁忙的日子。第1战斗机大队有7次交战，击落3架P-47和1架“喷火”，自己损失11架C.205和7名飞行员。7月1日和20日，该大队各损失4架飞机。中队长阿拉比托上尉于20日阵亡，维斯孔蒂上尉重任中队长。与此同时，以维罗纳附近的自由镇为新基地的第2大队使用Bf-109G-6战斗机取得了可观的战绩：在17次交战中，以12架Bf-109的代价，击落了10架A-20、6架P-47、4架“喷火”、3架B-24和1架P-38。

不死鸟行动”〔Operation Phonix〕及其影响
　　第3战斗机大队于8月上半月正式成立，由2个装备马基C.202战斗机的独立中队组成，这2个中队都是在1944年上半年自发成立的，装备各种可得到的飞机，但从来没有达到作战状态。第3大队还吸收了战斗机教练中队的人员。马尔维齐〔Malvezzi〕上尉任大队长，但由于飞机型号混杂，到8月中以前都没有达到作战状态。根据安排，第3大队将接收第1大队装备Bf-109G-6〔德国第77战斗机联队回国留下的〕而替换下来的马基C.205和菲亚特G.55战斗机。
　　但随后该计划与德国驻意大利空军司令部的决定产生了冲突。德国人从来不愿接受从“停战”以来的ANR在政治上和作战上的独立性，不仅因为ANR是RSI的最有效的武器力量，还因为她最少受政治的影响也离RSI政府的姿态最远。在RSI成立初德军将ANR的人员纳入德国空军的企图失败后，1944年8月德军又开始实施代号“不死鸟行动”的吞并计划。

德国驻意大利空军司令里希特霍芬将军于1944年8月25日向所有的ANR单位派去了德空军军官，在有的地方其武装卫兵甚至封锁了机场出口并控制了电话交换台。ANR的人员被告知ANR已经被解散，他们必须选择加入德国空军的“意大利军团”〔Italian Legion〕或德国高射炮师。
　　一些军官和支援单位的反应温和，但作战部队则反应激烈，几乎引起武装冲突。第1战斗机大队放火烧了自己的飞机，而不是投降。第2大队则干脆在机场哨所就把德国人赶走了。闻知此事，墨索里尼迅速向希特勒提出抗议。里希特霍芬及其参谋人员被召回柏林，由冯·珀尔〔von Pohl〕将军代替。

德军收回了第2大队的“梅塞斯密特”飞机，因此2个战斗机大队都没有飞机了。“布斯卡里亚”鱼雷机大队因为代价惨重的爱琴海行动而正在重组。“不死鸟行动”的后果是ANR几乎瘫痪了2个多月。
　　认识到一支有效的意大利战斗机部队能够节省下德国空军战斗机用于保卫德国，冯·珀尔重又向ANR提供了合作和支持。决定将第1战斗机大队开往德国进行Bf-109G战斗机的转换训练，第3战斗机大队也将如此。与此同时，当最后1个德国战斗机联队于9月底回国后，第2战斗机大队成为意大利北部唯一的战斗机单位了，该部也将重新装备BF-109G。

9月，ANR重组。补充战斗机大队〔Gruppo Complementare Caccia〕、 鱼雷机司令部、“埃托雷·穆蒂”〔Ettore Muti〕轰炸机中队〔从来没有达到作战状态〕及一些较小的单位被解散。 第1战斗机大队解散现有的中队，改为3个中队和1个以地面分队〔Sezione di Gruppo〕，并以“棍棒王牌”〔Asso di Bastoni〕为名。当得知布斯卡里亚少校〔原以为在布日湾阵亡〕被俘并加入南方空军后，“布斯卡里亚”鱼雷机大队改名为“法吉奥尼”，以纪念这位在战斗中阵亡的前任大队长。
10月19日，ANR重新出动。第2战斗机大队的“梅塞斯密特”迎战第319轰炸机大队的B-26，声称击落8架〔实际有3架被击落〕，损失1架Bf-109G。10月还有2次战斗，击落盟军飞机3架，自己损失3架Bf-109。

在东线支持德军的意大利“泰拉齐亚诺”和“特拉布齐”运输机大队，受到苏军推进的压力不断向西退却。由于不断撤退和处境困难，10月28日，人员奉命撤回意大利，但飞机被留下。由于在意大利没有类似的飞机，该两大队人员被组成反游击队营。“泰拉齐亚诺”共执行任务6个月，2500飞行小时。2个大队共运输军队3000人次，装备2300吨。
1944年11月，美国地中海陆军航空队〔MAAF〕被迫采取措施对付第2战斗机大队，该大队在11月4—16日从其在阿维亚诺的新基地起飞进行了5次战斗，声称击落7架B-17、5架B-26、2架P-47、2架P-51，损失4架Bf-109G。11月17—22日，MAAF对在杰迪、自由镇和阿维亚诺的机场进行了一系列的猛烈袭击。7架Bf-109G在地面被击毁。但飞机的损失远不如飞行员的损失，因为现在德国人愿意提供补充的飞机。
　　

从11月初起，第1战斗机大队开始在德国 Holzkirchen 的转换Bf-109G训练，第3大队于12月中起在 Furth 开始同样的训练。部分第1大队的飞行员还得到机会进行革命性的梅塞斯密特Me-163“彗星”火箭动力截击机的训练，但糟糕的天气和苏军的迅速推进使意大利人没能够完成训练。

最后一个冬季
　　在意大利战线，严寒的1944/45年冬天严重减少了作战行动，12月，第2战斗机大队只有3次战斗，但声称击落5架B-25、3架P-51和1架“喷火”，自身只损失1架Bf-109。但在第350战斗机大队的P-47战斗机对蒂埃内机场的攻击中，有14架Bf-109G-10在地面被摧毁。
12月26日，“法吉奥尼”鱼雷机大队以4架S.79重新出击，在安科纳外击中1艘7000吨的船只。1945年1月5日，该大队进行了最后一次任务，2架S.79声称在亚得里亚海击沉了1艘5000吨的敌船。为了缓和大大影响大型3发鱼雷机活动的燃油短缺，有人建议“法吉奥尼”大队改装单发单座的菲亚特G.55S鱼雷轰炸机，1945年3月试飞成功的原型机。但该建议没有被采纳，“法吉奥尼”鱼雷机大队停止了活动，共计击沉13艘商船和1艘驱逐舰，共11.5万吨。损失12组乘员〔60人〕。
　　到1945年初，意大利北方的ANR的战斗机部队只有第2战斗机大队了。即使这些有限的飞机，燃油和备件的短缺也严重影响了飞行。面对盟军巨大的空中优势，ANR的战斗机部队几乎聊胜于无。

到1945年2月，3个大队各中队的编号变成如下：
　　第1战斗机大队：第1、第2、第3中队；第2战斗机大队：第4、第5、第6中队；第3战斗机大队〔没有达到作战状态〕：第7、第8、第9中队。
1月，飞行活动为天气所阻，但2月作战行动密集展开，部分是因为1月底第1战斗机大队从德国归来，装备了52架装有最新的DB605AS和DB605D发动机的Bf-109G-10战斗机。当第3大队还在 Furth 继续训练时，维斯孔蒂少校的第1大队已经在马尔潘萨〔Malpensa〕和洛纳台·波佐洛机场完成了作战重组。

在米亚尼〔Miani〕少校〔1944年底接替阿莱桑德里尼中校任大队长〕的指挥下，第2大队2月进行了4次战斗，拦截攻击布伦纳隘口交通线的MAAF的轰炸机。声称击落了10架B-25和1架“喷火”，损失6架“梅塞施密特”战斗机。
　　为了加强战术侦察力量以获取有利于德国地面部队反击想象中的盟军对 Gothic 防线的进攻，德国空军司令部〔OKL〕决定在意大利部属一支装备喷气式飞机的侦察部队。3月中，3架阿拉多Ar-234被部署到坎波福尔米多，直到战争结束。第2战斗机大队2个中队奉命在其起飞和降落时提供保护。将Ar-234置于意大利中队的保护反映出德空军对ANR的一定的信任和尊敬。
　　滑翔机学校〔Scuola di Volo a Vela〕 是最后建立的ANR单位，于1945年3月初正式成立。但却实际运行了几个月，完成了新飞行员的训练。

结局
1945年5月3日，第2战斗机大队的22架Bf-109G攻击了一个属于第3 SAAF大队的B-26“掠夺者”轰炸机编队，声称击落8架、自己损失2架“古斯塔夫”〔实际上，盟军没有损失B-26，但损失1架护航的“喷火”〕。但这是该大队的最后声称的战果，压倒性的盟军空中优势迫使该部的活动只能减少到零星偶尔的出动。
　　第1战斗机大队3月14日终于重回战场，对付第350战斗机大队的“雷电”，但战果令人失望。美军成功拦截了意大利战斗机，意军在战斗中损失了3架Bf-109G，还有3架毁于迫降，但只声称击落1架敌机，这也是维斯孔蒂少校在ANR的第7个也是最后1个战果，他总共的未经证实的战绩是26架〔包括在皇家空军时期的19架〕。但真实战绩应该至多是25架，因为维斯孔蒂声称击落的那架埃迪〔Eddy〕中校的P-47，并没有被击落，在两人的迎头交锋中，是维斯孔蒂受伤被迫从其Bf-109跳伞。

同时，第2战斗机大队在3月中得到13架德国新的“古斯塔夫”补充。德空军司令部考虑给1个意大利中队装备“梅塞施密特”Me-262喷气战斗机。杰迪和自由镇的机场做了改造以适应喷气机。意大利战线的崩溃使该计划没有实施，但这反映了德军对ANR的尊重。3月23日，第2战斗机大队遭遇了美国陆航的B-25，声称击落3架“米切尔”和1架护航的P-47。
4月2日，22架“梅塞施密特”紧急起飞拦截飞往布伦纳隘口的一个B-25编队，但遭2个独立的P-47护航编队的袭击。损失了14架Bf-109和7名飞行员，盟军方面没有损失。这对第2大队是个打击，但在盟军占压倒优势的战场是无法避免的。盟军战斗机自由地出没于空中，攻击每个可能的目标。