唐高宗麟德元年（664年），玄奘圆寂于玉华宫（今陕西铜川境内），安葬在长安东郊白鹿原上。
白鹿原地势很高，在大唐皇宫大明宫的含元殿就可以看到。唐高宗非常敬重玄奘，在他去世后举朝致哀，不仅如此，据说他每每在含元殿远眺灵塔而落泪，为圣体安康着想，高宗的皇后武则天诏令将玄奘遗骨于总章二年（669年）迁葬到长安以南的少陵原，同时修建寺院，以资纪念。
新建的佛寺被命名为“大唐护国兴教寺”，为唐代樊川八大寺之首。
后唐肃宗为玄奘的舍利塔题写了塔额“兴教”二字，寓意大兴佛教。

唐穆宗长庆中（821年），昙景和尚主持兴教寺历史上第一次塔寺修葺。 [4]
唐文宗大和二年（828年），安国寺僧人义林筹修玄奘塔，同时备石准备刻铭，但塔未修毕，义林圆寂。
圆寂前，他遗言门人令检，要他一定寻找名人撰铭。
唐文宗大和三年（829年）七月，窥基塔启塔荼毗，迁入平原新塔，位于玄奘舍利塔的西侧，令检检校塔亭，“徙棺见基齿，四十根不断如玉”（《续高僧传》窥基本传）。
唐文宗开成四年（839年），刘轲应请作成塔铭镶嵌于塔最底层北面壁间。

宋神宗元丰四年（1081年），知京兆龙图吕公至终南山太乙湫祈祷，途经兴教寺，登至少陵原畔，南望终南，青山秀峰，下窥樊川，山水秀丽，遂命寺主僧晏静创建玉峰轩。并推万年令陈政举作记，此记即《玉峰轩记》。
宋哲宗元祐元年（1086年）季春戊申日，宋张礼游寺时，尚用“殿宇法制，精密庄严”八字概括描述，可见当时兴教寺的建筑群还相当完整。
宋徽宗政和五年（1115年），同州（今大荔县）龙兴寺仁王院僧广越法师从丰德寺东岭上圆测塔中分出部分舍利及供养物，移葬于兴教寺奘师塔东。
圆测塔的风格、形状、规模与窥基塔完全一样。塔铭由宋复撰并书。在修建圆测塔时，“同时并基公塔即旧而新之” [5] 。
在圆测塔铭中，还记述着测塔建成后“金轮宝铎，层构双耸，矗如幻成，其下各环以广庑，神像崇周，左右以附……及于塔之前，创修献殿六楹落成。” [4]

明神宗万历四十六年（1618年）夏季四月，赵垡在游兴教寺文中写道：“游塔院，观三藏、慈恩、西明三塔。《三藏铭》刘轲撰，《慈恩铭》李宏度撰，俱建初书；《西明铭》，宋复撰书。
吕大防所创‘玉峰轩’，以玉案得名，当在寺后原畔，今独陈正峰所为记，在殿壁间。寺僧有穴居者。壁间嵌古殿壁一块……”
从以上文字可知，赵垡游览时，兴教寺那种“殿宇法制，精密庄严”已不复存在。连“玉峰轩”的情况也只能従陈正峰所撰写的《玉峰轩记》中知个大概了。他在《兴教寺》一诗中写道：“败垣惊变相，残碣绣苔痕”。兴教寺的荒凉可见一斑。

据原悬挂于民国修建的钟楼里的大唐兴教寺改建钟铸文载，此钟铸于清乾隆五十二年（1787年）岁次丁未春三日谷旦，钟文为邑生员胡日德撰，钟文中说：“兴教寺者，唐肃宗之所名也，原依少陵，地近樊川，中有玄奘塔一，左右有慈恩，西明二塔。即诗中所谓日斜山字者是也；世远年湮，不无颓败，鼎残碑裂，游者伤目。”
据铭所知，一个称太荣的和尚，见寺钟已毁，为了复兴寺院，光大佛法，因而改建兴教寺。功毕，特铸钟纪念之。 [4]
清同治年间，寺内除三塔外，全部建筑毁于兵火，几成废墟。
延至民国十年（1921年）兴教寺外无围墙，内无殿宇僧舍，只有三塔耸立于少陵原畔。
民国关中大旱，饿殍遍野，朱子桥将军受印光法师嘱托在陕西放赈，与兴教寺僧人妙法、妙阔等展开了“以工代赈”的救济活动，救民于倒悬。
民国二十一年戴季陶、居觉生来陕视察，大力倡修兴教寺，“盖以佛法救正人心，尤探拨乱反治之本原也”，以使“盛唐人心大定，文物昌明，国运因之兴隆。”
得到国民政府党政要员蒋介石、白崇禧、阎锡山等人的大方捐助，募修大殿、僧房十余间。
民国二十八年程潜再次倡修兴教寺，“并电明中央冠护国二字于兴教寺，用示拥护国家振兴佛教之之微意”，得到国民中央政府的同意，增建及修葺塔亭、大殿、藏经楼、山门等，并补修了三塔。

兴教寺宝塔这次修葺是一次有政治目的的修建，民国二十三年（1934）十一月所立的《重修慈恩塔院记》有详细记载。
因日本侵略军攻打南京，“中枢议建西安为陪都”，也才有重修兴教寺一事。
蒋介石本人亦曾来过兴教寺，“或倡修周陵以振兴中国文化，或倡修茂陵以表现中国民族尚武精神，皆示国人以反本自奋为救国图存之地”。 [6]
民国三十八年（1949年）5月，长安解放。当时的长安大地满目疮痍、百废待兴，佛寺自然也不例外。
慈恩塔院地基下陷，严重危及玄奘塔、窥基塔及圆测塔，兴教寺平时住僧仅数人。

1950年至1953年3年里，韦村小学由于校舍紧张，曾用殿宇廊房做教室上课。 [4]
1953年春，因周恩来总理陪同印度总理尼赫鲁来兴教寺参观访问的国事活动，政府修葺兴教寺，拨专款将大雄宝殿、法堂、藏经楼油漆一新，并在藏经楼下布置客厅。
经过这次修葺，这座古老的佛寺，开始呈现生机和活力。 [6]
1955年以后，参观访问兴教寺的国宾和游客日益增多，中央及省市领导也频频参访。为保护名胜古迹，适应外事活动的需要，陕西省及长安县政府在1955年至1956年，对寺内殿宇进行了一次全面修整、布置。
1978年以后，宗教信仰自由政策进一步落实，兴教寺先后修筑塔南护坡，大修大殿、藏经楼，将寺院破旧的土围墙更新为一色砖砌围墙。 [4]

兴教寺为中国重点文物保护单位，寺内藏有明代铜佛像、缅甸玉佛像各一尊，明永乐年间壁画数十幅，还有历代经卷数千册。
而最有价值的文物遗存就是著名的兴教寺塔。
兴教寺塔是玄奘舍利塔、窥基舍利塔、圆测舍利塔三塔的合称。
三塔位于兴教寺慈恩塔院内，中间最高的一座是建于唐高宗总章二年（669年）的玄奘舍利塔，左右各有较矮小的砖塔一座，西侧为造于唐高宗永淳元年（682年）的玄奘弟子窥基舍利塔，东侧为造于宋徽宗政和五年（1115年）的新罗王之孙圆测舍利塔，形式均与玄奘塔略同 [9] 。

玄奘舍利塔玄奘塔立于兴教寺塔院正中，玄奘舍利塔（中）塔背嵌有唐文宗开成四年（830）篆刻的《大遍觉法师塔铭》。 [9]
玄奘塔为砖造，总高21米，五层，平面方形，仿楼阁式。底层边长5.2米，每层檐下皆用砖做成简单的斗拱。斗拱上面，用斜角砌成“牙子”，其上再加叠层出檐。第一层塔身经过后代修缮，已是平素的砖墙，没有倚柱；而以上四层则用砖砌成八角柱的一半的倚柱，再在倚柱上隐起额枋、头拱。
塔内有小方室供奉玄奘塑像。底层较高，以上各层依次收减。因是墓塔，所以除层外，其上四层概不能登临。玄奘法师舍利塔高七丈，共五层，底层拱洞内有 玄奘法师塑像。
塔背嵌有《大唐三藏大遍觉法师塔铭》的碑刻，因亦称大遍觉塔。 [9]
中国砖塔之砌作木构形者，当以此为最古。 [10]