可可茶由于在系统亲缘关系上与云南大叶种茶接近，在生理和药理作用上与传统茶叶有相似，又由于其含有不同于传统茶叶的较高的可可碱，因而在生理和药理作用方面表现出特殊的效果，主要表现在： 可可茶不会兴奋神经，不影响入睡，还能有助于睡眠，提高睡眠质量，这也是可可茶最为独特的一点；而传统茶叶因含有咖啡碱，具有兴奋神经的作用，在夜晚喝茶过多或喝浓茶，往往影响睡眠，特别是对神经衰弱者、年老体弱者的影响更为明显；可可茶具有强心作用，而传统茶叶则不具强心作用；可可茶急性降压作用比传统茶叶缓和，其降压作用与中枢神经及迷走神经无关，作用方式是外周性的；可可茶对体外培养的肿瘤细胞具有一定的抑制作用；与传统茶叶一样，具有降低胆固醇和血脂、提高高密度脂蛋白含量的作用，某些指标比传统茶叶好，具有一定的减肥效果。可可茶水提物对缺氧心肌具有保护作用，其效果比传统茶叶强2.6倍； 饮用可可茶能提高机体动态耐力，其效果比传统茶叶好；可可茶具有抗脂质过氧化的作用，对延缓机体衰老有一定的作用，其效果强于传统茶叶，因而可作保健饮料；