人体内有数量巨大、种类繁多的微生物，它们共同组成了人体微生态系统。经过漫长的生物进化过程，正常菌群与人体处于共生状态，并与人体建立起密切的关系，对促进人体生理机能的完善尤其是免疫功能的成熟起到非常重要的作用。
肠道内的细菌大致分为三类：
1、有益菌（也称益生菌）
主要是各种双歧杆菌、乳酸杆菌等，是人体健康不可缺少的要素。
2、有害菌
代表菌群：金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌。
其数量一旦失控就会引发多种疾病，产生致癌物等有害物质，或者影响免疫系统的功能。
3、 中性菌
如大肠杆菌、肠球菌等。
只要数量控制在适当范围，且在肠道内活动，对人体无害。在益生菌数量正常的情况下，其对人体并不致病；当益生菌数量减少时，有害菌会攻击肠道，肠壁通透性增加，中性菌就会随着有害菌进入血液，攻击人体器官。