院长就是琳，也就是弥赛亚的二女儿
我们玩到的游戏路线并非最初的时间线
原世界线具体故事如下：
按照世界线正确的走法，在游戏开头的死灵骷髅找到圣剑的时候，法帝斯认为自己身为魔将军无法使用圣属性的剑，并认为这个黑暗的世界不需要圣剑，所以派人将圣剑销毁。
随后，米伊美找到法帝斯，表明自己前来清扫人类世界最后的抵抗力量——神迹之永生的修道院，并说明这个修道院拥有一个强大的保护结界
接着米伊美和法帝斯来到修道院，派出2个骷髅试探结果被瞬秒，最后的幻神弥赛亚出现
米伊美讲述了自己曾经的经历，攻打天界时遭到弥赛亚的抵抗，切掉一块天界大陆趁机返回魔界，但也因此受到重伤导致战斗力锐减
法帝斯闻言很兴奋的冲上去与弥赛亚交战，结果弥赛亚1V2法帝斯、米伊美也依旧处于上风。
而观战的琳、露依均以为弥赛亚能赢，这时院长突然开口要求所有修女准备好结阵逃往地下室
交战期间，几位魔军士兵来到天界向灭天通知情况，灭天决定亲自出手，另外一边，这个世界的王定槌也向修道院赶去
在灭天赶到时，法帝斯、米伊美均已气力不支，在弥赛亚即将出最后一击时灭天突然赶到，此时的弥赛亚也已经体力不支，最终决定与灭天同归于尽
弥赛亚、灭天同归于尽以后，法帝斯与魔军冲进修道院，同时王定槌也终于赶到修道院。
在地下室里，所有修女为院长和琳争取时间，在琳和院长即将被追上时王定槌赶到并成功阻止了魔军。
最终，院长告诉琳，必须穿越到很早的过去，成为修道院的院长，引导新的世界让这个世界线发生改变，同时告诉琳，她就是琳。
上面这个世界线经历了无数个轮回，终于在某一次的引导的蝴蝶效应下，魔武王法帝斯终于拾起了圣剑，然后发生了主时空的故事。
这个剧情的具体对话可以在黑暗圣剑传说的工程中的“琳(老年)和平行世界”这两个地图中看到。
至于时间悖论，我认为，在第一次发生这种事情时有另外一个修道院院长，在最后魔军压境时，这个院长告诉琳一切，并且告诉琳要维持循环直到世界线发生改变，这样的话就能解释的通了

真好啊