动画结局里：约书亚最后失忆了，心智一直停留在小时候，被雷米顿牧师收养照顾。
　　　　　　罗赛朵和克劳诺打败了爱恩，回到孤儿院将童年的玩伴从禁锢的时间里解放出来了。孩子们的时间又开始转动起来，只是大家没有意识到“时间曾经停止过”。之后，他们俩寻到了一处小木屋安静的度过了他们生命中最后的时光。动画里罗赛朵和库劳诺都死了，夕阳西下，两人坐在椅子上手挽着手，靠在一起，安详地迎接死亡。（教会的朋友们找了他俩很久，可惜无果。等最后终于找到他们时，看到的只是他俩依偎在一起的遗体，阿兹玛利亚伤心地流下了眼泪）发现罗赛朵死后不久，教会接到了电话被告知，拥有圣痕被神选中的人再次出现了。新的时代开始了。
　　　　　　阿兹玛利亚最后成了一名修女，每年都会给过逝的罗赛朵献花悼念。
　　　　　　纱蝶拉和姐姐同归于尽，纱蝶拉在战斗中不敌姐姐被重创，最后选择用武器同时贯穿自己和姐姐。姐姐化作了碎片，临死前想起了一切。纱蝶拉奄奄一息倒在树下，后阿兹玛利亚和库劳诺赶来，可惜已经无力回天。最后她在阿兹玛利亚的歌声中永远闭上了眼睛。
　　　　　　动画最后，又过了几十年，雷米顿牧师颓废地起在路上。被人从身后撞了下倒地，当他抬走头时，看到了那个撞他的人竟然是爱安。爱安低语，自己身为恶魔，只要人类的欲望和罪恶不灭，自己将永存于世。雷米顿的眼里充满了绝望与无助，时代的洪流继续向前推进，“我们”只要时代的见证人，在神引导的路上走着……