南洋国民军军建军之初，将领和军官均由南洋国民党在新加坡创设的樟宜军校加以培养训练。南洋国民军是国民政府进行光复的主要武装力量。
2020年9月誓师光复时，南洋国民军主力为此五个军级部队，约四万人。
2021年1月15日，依“军事委员会组织法”，南洋国民军确定“以党建军”、“以党治军”原则，规定南洋国民军接受南洋国民党军事委员会及国民政府军事委员会之指导及监督管理。同年，依建置军事参议院，主席孙诗琦，国民政府之军事工作，及军事问题议决案之代表说明者，并指挥各省军事厅之工作。南洋国民军由此正式成为南洋的国家武装部队。