參勤交代本身就是控制和削弱大名的手段。对于御三家这种亲藩不需要太过削弱藩的实力，所以就让他们常驻江户，称为“定府”。还有一些藩离江户太近，藩主也会常驻江户；在幕府担任职务的，也不需要參勤交代。
到天保八年（1837年），德川齐昭推行藩政改革，废止了定府制，同时实施称为“追鸟狩”的军事训练。这一系列改革在幕府内部得到了权臣水野忠邦的配合，某种意义上也成了水野推行天保改革的一种“试点”。但随着齐昭改革显现成效和水野的失势，幕府开始向水户兴师问罪，弘化元年（1844年）勒令齐昭退位隐居。直到嘉永二年（1849年），随着日本国内危机的加深和各藩志士不断奔走，齐昭才回到了政治舞台。

水户藩作为“御三家”，虽然家格较尾张藩和纪州藩要低，无权继承将军家，但却有将军的推举权和监督权，故水户藩主也被称为“天下副将军”。水户藩主长期居住在江户参与幕府的政事，因此不需要参勤交代。