由于存在工作原理上的差别，在扫描系统中矩阵型CCD的镜头要达到线性CCD的2倍直径大小，才能获得跟线形CCD一样的图像质量，即便如此矩阵型CCD的镜头还会出现明显的色差、几何畸变，并在转角处也会损失较强。此外，矩阵型CCD均由2个绿色、1个红色和1个蓝色的像素按4倍规则排列在一个标准的拜耳滤片上，在采集影像时减少了2倍绿色通道和4倍红色、蓝色通道，因此相对于线性CCD来说，矩阵型CCD会产生较多的噪点，且采集的色彩不准确。这些特点决定了矩阵型CCD图像传感器所擅长的仅仅是拍照而非扫描。