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微生物肥料不仅可以增加传统肥料的产量和收入效果以外，还可以减少作物病害。
这主要有三个原因：
一是肥料中有用微生物的生长繁殖，在作物根际微生态系统中形成优势种群，抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对抗一些有害病原体，减少有害微生物的潜在危害。
其次，有益微生物在生长繁殖过程中分泌不同的代谢产物，培育根际土壤微生态系统。这些代谢物可以刺激植物生长，提高作物抵御不利环境的能力。
第三，当植物遭受疾病、冻害、干旱、衰老等逆境时，微生物肥料中所含的细菌能使植物产生超氧化物歧化酶，清除逆境引起的自由基，提高作物的抗逆性，减少病害。