一般ATP荧光检测仪的使用方法∶
1、从试管中拿出沾湿了的棉拭子，在检测区域涂抹，取样时尽量均匀地旋转棉拭子，且不过多地涂抹，使取得的样品具有代表性。
2、握住吸阀，捏住球管，从吸阀处折断,。
3、轻挤球管两次,使管内液体流出,轻摇两到三次,使液体试剂与标本更好接触反应。
4、将整个检测管放入发光仪中，盖紧盖子，进行测量。
值得注意的是︰取样是影响准确性和一致性的关键之一，使用时可参照手持式ATP仪说明书采样、检测、计算得出结果并记录报告。一般来说采样分两种情况︰
面积类:将ATP拭子采样棒一支在物体表面或双手指曲面从指跟到指端来回涂擦个两次(一只手涂擦面积约30cm2 )，并随之转动采样拭子。
体积类∶将ATP拭子采样棒一支在待测液体充分浸湿。
取样后检测∶将拭子放入手持ATP仪，获得被测样本与细菌污染程度相对应的ATP生物荧光值并判定卫生状况。
目前，常用的配套拭子有表面采样棒和水质采样棒，食品企业可以根据需要选用不同拭子进行采样。