2016年，博格巴以8900万英镑的转会费重返曼联。在为尤文效力的4年里，博格巴4次拿到意甲冠军，2次拿到意大利杯冠军，出战欧冠决赛，真正成长为顶级中场球员。
在回到曼联的第一个赛季，博格巴随穆里尼奥执教的曼联拿到了联赛杯、欧联杯双冠王，并且在欧联杯决赛里打入1球。然而，从此之后，曼联再也没有夺冠，冠军荒已经延续到5年。
在本赛季，曼联在联赛杯首轮就出局，足总杯第四轮被米德尔斯堡淘汰，欧冠八分之一决赛被马竞淘汰，在英超积分榜上，曼联足足落后曼城20分，这意味着他们将延续自2013年以来从未赢得英超冠军的魔咒。

在接受采访时，博格巴表达了自己的不满，“老实说，过去五个赛季无法让我满意，真的一点也不满意。这个赛季已经完了，我们什么都不会赢得。不论是在曼联还是在其他俱乐部，我都想赢得奖杯。”
更让博格巴感到沮丧的是，在朗尼克执教之后，博格巴找不到自己的位置和角色，经常要回撤担任后腰，而在德尚执教的法国国家队里，博格巴有着属于自己的位置。

博格巴表示，“在国家队很简单，我在属于我的位置上踢球，我知道自己的角色，我感受到教练和队友对我的信任。在曼联就不一样了，因为当你经常改变位置、战术或者搭档的时候，你很难保证连续性。”
“我和德尚相处得很好，我给了我一个我很熟悉的角色，但在曼联，我真的有自己的角色吗？我不断在问这个问题，但我没有答案。”

博格巴与曼联的合同在6月30日到期，《镜报》分析，在这篇专访里，博格巴强烈暗示自己不会与曼联续约，而他的下一站有可能是尤文、巴黎或者皇马。