肽的脱盐方法有离子交换树脂脱盐、大孔树脂脱盐、纳滤膜分离脱盐等。离子交换树脂脱盐法和大孔树脂法操作繁琐，肽回收率低，应用不方便。纳滤膜的孔径范围约为几纳米，工作压力为0.5-2MPa，相对分子量大于200 Da有机物和大阴离子基团具有较高的截留效率和对单价离子和溶剂的高透射率，因此可以同时进行脱盐和浓缩。
　　纳滤分离是以压差为动力，以溶液为分离对象，以纳滤膜为分离介质的分离技术。纳滤膜有两个显著特点：一是其截留分子量约为200~2000，介于反渗透膜和超滤膜之间。其次，纳滤膜对无机盐有一定的截留率。纳滤膜分离工艺无化学反应、无相变、无加热，不会破坏肽的生物活性，具有操作简单、分离快速、高效节能的优点。蛋白质酶解产物组成复杂，目标活性短肽浓度不高，但料液体积大。为了获得相对分子质量集中、纯度高的活性短肽产品，具有良好分离性能和连续处理的膜技术可能是一种必要的处理方法。