2003年获得“应用数学”硕士学位授权点
2006年获得“概率论与数理统计”硕士学位授权点
2011年获批数学和统计学两个一级学科硕士学位授权点
2018年数学学科被列为云南省博士点培育学科
2012年招收首届统计学专业本科生
2000年7月数学系改系建院，成立数学学院，郭震教授担任首任院长。2001年学院党总支升格为学院党委，代龙老师担任首任党委书记。
2006年顺利完成教育部本科教学评估工作，2010年学院整体搬迁到呈贡新校区同析四号楼
2013年学院楼命名为“武之楼”，并在大厅门口安放杨武之先生铜像。2016年数学学科列为云南省A类高原学科，顺利完成本科教学评估工作。2017年成立大数部，设置“三系/一部/两中心”。
在此期间，“数学与应用数学”专业成为第二批高等学校特色专业建设点（国家一类），开展了“4+2”学科教学硕士生的专项培养工作，推进全校大学数学分层分类教学改革工作。取得了立项国家自科和社科基金项目50余项，发表SCI高水平论文100余篇等学术成果，开展了大量的学术交流活动。成立了“云南师范大学数学研究所”“云南师范大学基础数学研究所”。