建文三年,明廷命令真定、大同、辽东三路出师进军北平。十一月,杨文以“万人”再次围攻永平,并“出游兵万余掠蓟州、遵化”等地。由于同其他两路官军缺乏配合,辽兵为燕将刘江大败,被“斩首数千级” ,“指挥王雄等七十一人皆被执”。 孟森评价此事说:“以天下之全力,奉天子之命,讨一叛藩,至是始以真定之兵自南入,大同之兵自西入,辽东之兵自东入,而期会参差,各被击辄败退,中枢无能主兵事者也”,可谓一语中的。正是明廷对各路军队缺乏统一指挥,才使得官军各自为战,不能形成有效配合,结果为燕军各个击破。
建文四年正月,平安再次进攻通州又败。同年四月,“辽东诸将围燕保定,积四十日不克,乃还”。建文四年四月,燕军已经渡过黄河进入凤阳府境,情急之下惠帝用齐泰、黄子澄之策,“命辽东总兵官杨文将所部十万”至济南与山东布政使铁铉合兵,以断绝燕军后路。同年五月,杨文率军前往济南,时靖难兵南下,杨文“帅至直沽,遇燕将宋贵等截杀,遂溃,竟无一人至济南者” ,杨文也在这次战役中被俘,从而宣告了他38年(公元1364年—1402年)军事生涯的结束。明成祖即位后“怜其开国老将,得不死”,永乐四年(公元1406年)正月病故,享年约57岁。