一代就没想那么多，设定都是后来补的

1、到底怎么样可以真正的消灭恶魔？
未知，理论上恶魔是不死不灭的，恶魔代表着造物主的恶念。
至于2代砸灵魂石，不是为了消灭恶魔，而是因为三大魔王已经腐化了基于世界之石创造的灵魂石，利用灵魂之石基于世界之石的情况，三大魔王可以用灵魂石“感染”世界之石从而达到控制世界之石的目的。
所以2代里主角团毁灭了老墨和菠萝的灵魂石，但巴尔却用自己的灵魂石腐化了世界之石，泰瑞尔只得将其粉碎。
1代不砸碎是因为那时候他们还不知道三大魔王的阴谋，认为可以用自己的身体作为人柱力，将魔王封印在自己的体内。

2、灵魂石与恶魔之间是什么关系呢？
灵魂石是大天使泰瑞尔打造，用于囚禁恶魔灵魂的工具。
本来天堂和地狱的军团都是不死不灭了，肉身死了，灵魂跑去天堂/地狱蹲泉水，十八年后又是一条好汉。
这样来回了不知道多少次泰瑞尔突发奇想：拿世界之石做个监狱，干掉魔王后把他们灵魂往灵魂石里一塞，魔王就没法回地狱蹲泉水了，虽然还死不了，但是不能蹲泉水就等于地狱少了几员大将，而且因为魔王的灵魂还存在，地狱也不能生出新的魔王灵魂来代替旧的，那么以后再打起来，等于天堂5个王者+一群黄金白银青铜VS地狱一群黄金白银青铜，那就好打了。
结果泰瑞尔没料到衣祖尔跳反，把灵魂石的秘密告诉了三大魔王，也低估了三大魔王的邪恶力量，结果是灵魂石尽管一度封印了魔王，但几十年后三大魔王还是利用自己的邪恶力量腐化了灵魂石，控制了周围的人。
至于老巴的灵魂石又是个特例，在封印老巴的战斗中，灵魂石被老巴的强大力量打开了一条裂缝，封印能力削弱，塔拉夏被迫自己当人柱力，暂时封印巴尔。后面当马洛夫来到巴尔面前时，塔拉夏已经被巴尔彻底夺舍。
而灵魂石对于三大魔王的意义如同我在上头所说，是作为腐化世界之石的媒介用的。

暴雪吃书严重，按照2022年剧情发展来讲。
你的第1问题答案：故事设定恶魔和天使永生不死，死了接着重生，死去的只是肉身，灵魂不灭。目前不存在彻底灭杀灵魂的手段。而一代的骑士艾丹（莉雅她爹）是中了连环计，即迪亚波罗故意让艾丹报仇，刺激他让他企图用自己的灵魂跟他做斗争，实际上这次是大菠萝的苦肉计。目的是利用艾丹的王子身份拯救俩兄弟。

3、墨菲斯托不应该也是囚禁在灵魂石内吗？为什么暗黑2第三章我们去崔凡克的时候，看到的是恶魔本身？
老墨被封印之后，利用自己的邪恶力量不断的腐化周围的人们，因为老墨封印的地点不像巴尔那样鸟不拉屎一个人也没有；也不像菠萝那样有英雄横插一杠，所以老墨很顺利的就把周围的人都给控制了；那些堕落的祭司们释放了老墨，然后把老墨的灵魂石插入议会老大的身躯，老大就跟艾丹和塔拉夏一样成了人柱力，老墨借助这个再次出现在了人间。

问题2：灵魂石，恶魔，天使三者原本就是一体的。创世神自己想要分割自己的善恶，结果分割完后善恶开始互斗，最后创世神没了，它的眼睛化作世界之石，善恶也分化成了天堂和天使，地狱和恶魔。

接问题2：为什么灵魂石不管用？因为从一开始泰瑞尔就被自己的亲信欺骗了。泰瑞尔跟三魔神在庇护地的较量体现在“三神教”和“赫拉迪姆”之间的斗争中。而泰瑞尔派出了自己的亲信“衣卒尔”打探地狱情报，结果衣卒尔堕落腐化了，直接叛变，与三魔神串通一气，让泰瑞尔误以为从世界之石凿一块灵魂石，能封印三魔神灵魂，但实际上正中三魔神奸计，有了灵魂石，三魔神就能永远在庇护地反复复活

4、迪亚布罗此行的目的我也搞不太清楚，他原本是打算复活他的两个兄弟，但他们本应该都囚禁在灵魂石内，迪亚布罗打算怎么复活他们呢？怎么复活他们呢？
菠萝要复活的只有一个老巴，当时的顺序是这样：
三大魔王被封印，然后老墨腐化了看守自己的人们，派拉扎鲁斯（1代那个BOSS）去救菠萝；拉扎鲁斯成功逼疯了李沃瑞克，并让菠萝借助艾丹的弟弟复活。
本来如果没人捣乱，菠萝下一步就是复活，然后去救老巴，结果艾丹插手打倒了菠萝，自己成为了人柱力；菠萝花了几十年夺舍艾丹，然后去救老巴；因为菠萝跟老墨都已经成功夺舍了自己的人柱力，所以菠萝很有信心老巴肯定也能夺舍塔拉夏（虽然塔拉夏很强，但老巴的灵魂石有裂缝，长此以往肯定扛不住），对菠萝来说其实就是把老巴从封印里放出来就行了。

一代基本没有什么成熟的想法，剧情很平凡也很传统。
主要世界观架构是2代搞出来的。北方暴雪的剧情特点是建立在精神分析基础上的神话叙事，所以设计了一堆可歌可泣的悲剧英雄，天使与恶魔的定义也比较传统，七大恶魔等于七宗罪。而亚丹和塔拉夏用灵魂石插头，是那一代人不知道怎么对抗恶魔而被迫作出的勇敢选择。这相当于一个隐喻，就是在没有上帝的指导下，靠人类的意志来对抗原罪是不可能的。而2代主角能在地狱之河砸碎灵魂石是因为证明了自己的价值，得到了天堂的指引。
在这种世界观下，恶魔的实体仍然是基于人类的原罪而存在，所以只要灵魂还在，那么肉体就能无限重生。
三代换制作组以后，把以往的神话式设计全都推翻了，天使和恶魔的关系变成了星际争霸神族和虫族的翻版。

就这些剧情，都是暗黑4莉莉丝剧情之后的很长时间的剧情

整个2代里三魔王的计划大致是这样：
一开始三魔王的计划：策划地狱流放，被四大次级魔王“流放”到人间，吸引泰瑞尔派人拿着灵魂石来干掉自己，然后三人干掉那些追兵，拿灵魂石回地狱，慢慢研究怎么腐化，最后用它控制世界之石。
结果三魔王没想到凡人也挺厉害，三人被打败关进灵魂之石，于是三大魔王就启动第二计划：腐化灵魂石，令自己的力量可以影响周围，然后靠影响周围的人令它们堕落，成为自己的部下释放自己；但这个时候三大魔王的灵魂已经被封在灵魂石里了，不能在凡间展现真身，而如果毁掉灵魂石，那计划就白搭了，所以就搞了个折中手段：用凡人肉体+灵魂石的组合让自己得以在凡间显露真身，而又不损毁灵魂石。
老墨那里天高皇帝远，所以最顺利；很快就把整个萨卡兰姆给拉到自己麾下，菠萝和老巴就惨了，被封印的地方鸟不拉屎，一直出不来，获得自由的老墨就策划了一个计策：他派自己的小弟拉扎鲁斯跟着李沃瑞克一起去封印着菠萝的坎都拉斯“传教”，乘机拿李沃瑞克的儿子把菠萝给复活了，本来按计划，菠萝复活之后就该去救巴尔，和老墨回合了，没想到菠萝被艾丹砍了，于是救巴尔的时间就拖延了好几年。

魔王怎么样才可以把自己的灵魂从灵魂石里释放出来？

只有游戏黄了才能真正消灭恶魔

就像魔兽世界的扭曲虚空恶魔只能被封印死了就会回到扭曲虚空等待复活