建文被毁尸灭迹的原因很简单。
第一 他无法出逃的，没有这个能力。
第二 他在政治上是个大麻烦，既不能放，放出去就是放虎归山，就算是纸老虎，别人可以狐假虎威，把他当做傀儡，以争天下。
也不能抓，如果抓起来，朱棣没有正大光明的理由处理他，废帝弑君皆是大忌，牵动王朝道德根基。
所以建文失踪了，下落不明，朱棣还故作神秘的派人寻找，实际纯属装模作样，故布疑阵。

可能性很大