国营重庆红旗食品二厂的厂长是刘汉元。刘汉元曾任职于中国粮油食品进出口总公司，后调任重庆红旗食品二厂任厂长。他在担任厂长期间，致力于提高企业的生产效率和产品质量，使得红旗食品二厂成为了当时重庆市规模最大、技术水平最高的食品生产企业之一。刘汉元也曾获得多项荣誉和奖励，为中国食品行业的发展做出了重要贡献。