透射电镜与扫描电镜是两种用于研究物质细胞结构的显微技术，它们之间的区别在于使用的电子束的不同。透射电镜的主要原理是，利用极低能量的电子穿过样品物质，形成样品的衍射图像，观察物质细胞结构。而扫描电镜则是利用高能电子扫描样品表面，将局部区域进行放大，观察物质表面结构。因此，透射电镜能够反映出物质内部细胞结构，扫描电镜则能够反映出物质表面结构。拓展上，近期又出现了另一种新型的电子显微镜技术—电子共焦显微镜，它采用的是结合了透射电镜与扫描电镜的技术，这种技术可以实现物质内部与表面的同时观测，从而更加清楚地反映出物质的细胞结构。