清朝灭少林寺的原因比较复杂，可能与政治、宗教、军事等多个方面有关。一方面，清朝建立后为了巩固统治和削弱反抗势力，对少林寺等武术门派进行限制和打压。另一方面，一些腐败的官员和武林人士也可能利用此机会攫取财富和权力，加剧了整个过程的恶性化。