微生物的存在对植物的生长有重要作用。例如，腐殖质微生物可以为土壤中缺乏氮元素的植物提供氮；生物菌肥可以提供多种养分和改变土壤的pH值，促进植物的生长发育；担子菌能够促进植物吸收盐类和其它矿物质，而真菌则可以为植物种子分泌霉素类物质，以保护它们无损或减少病害的蔓延。此外，微生物也可以与植物直接相互作用，例如，细菌可以通过分泌抗性激素来引导植物的生长发育。同样，微生物还能为植物提供保护，例如细菌可以分泌生物酶抑制病原菌的生长，减少病害的发生；真菌可以通过分泌抗氧化剂保护植物免受空气污染和光照伤害等。