1593年，李时珍在家乡泰州去世，死因有多种说法。传说中最广为流传的说法是，当时有人向朝廷告发他参与了起义，因此他被捕并遭到审判和处决。但是，这个说法缺乏历史证据，不能确定其真实性。还有一些说法认为，李时珍可能是因为疟疾或其他疾病而去世，但具体原因也无法考证清楚。