四十山海协作工程首先要站在统筹区域发展的高度解决区域发展的战略思路问题。四十山海协作工程意在从产业融合、创新发展、绿色发展和合作共赢四个方面出发，用创新方式营造共赢共生的区域发展模式。同时，它还要在司法改革、权力分散、服务便捷等方面强化体制性改革，使得两岸三地政治制度的相互融合与应用成为可能，实现经济就业与生态环境的协调发展，推动协作工程内部实现优势互补，维护三地彼此稳定和繁荣。