原因和原由都是指导致某个事情发生的根本原因，但是它们的用法和语境略有不同。原因通常指直接导致某个事情发生的原因，而原由则更加强调深层次的、更为根本的原因。例如，某个人因为疲劳驾驶而发生车祸，疲劳驾驶就是直接的原因，而这个人工作过度、缺乏休息则是更为深层次的原由。