专科医院污水处理设备流程如下：
预处理+一级处理+二级处理+深度处理+消毒+出水
改变医院废水水质的过程。主要是杀灭废水中的致病微生物。为了提高消毒效果，在消毒前可对废水进行预处理，包括一级和二级处理。
消毒：
专科医院污水处理设备消毒处理方法有氯化法、臭氧法、紫外线消毒法。氯化法消毒中主要有液氯法、投氯酸钠和二氧化氯法等三种。
为消灭废水或污泥中的病原体或使之灭活而进行的处理过程。分为废水消毒和污泥消毒。
医院废水处理主要是消毒，即杀灭病原体。医院废水的水质十分复杂，一般随着用水量的增大，相应的污染物浓度也越来越高，医院废水处理流程应尽可能设调节池，调节池不但可以调节水量，消灭高峰负荷，并可以调节水质，使其处理效果不会因水质变化而受到干扰二氧化氯消毒剂的投加点一般选择在调节池之后。浮选沉淀后经消毒池（由二氧化氯混合发生器制备的消毒剂）进行消毒后，达标排放。自发浮选沉淀池的剩余污泥排入调节池，调节池和接触氧化池的污泥打入消化池进行好氧消化处理可达标排放。
上海专科医院污水处理流程
（1）格栅
医院污水中含有大量较大颗粒的悬浮物和漂浮物，格栅的作用就是截留并去除上述污物，对水泵及后续处理单元起保护作用。格栅采用回转式格栅除污机。
（2）调节沉淀池
污水经格栅拦截大颗粒杂物后自流入调节沉淀池，沉淀部分杂质并经调节水质水量。排出的污泥进入污泥浓缩池进行浓缩。调节沉淀池水力停留时间设计为5.4h。
（3）提升泵
提升泵的作用是把污水从调节沉淀池中定量的提升至接触氧化池中。
（4）接触氧化池
根据污水的性质，设计总停留时间为5.89h。填料选用组合式填料，将填料与支架组合在一起利于更换维修。BOD5的去除率可达85%，完全适应医院污水的冲击负荷。
充氧采用鼓风曝气，用管式曝气器布气。两种设备和技术的良好配合使各自的性能最大限度地得到发挥，达到了优化配合，构成了一套最优化设备和技术配置系统。
（5）二沉池
污水经生化处理后，流入二沉池，沉淀老化的生物膜和部分污泥。
（6）接触消毒池及消毒装置
消毒为医疗污水的核心处理工艺，在设计上本工程着重考虑采用先进的消毒技术：二氧化氯发生器现场发生二氧化氯进行消毒处理。二氧化氯是目前世界上最先进的氯系消毒剂，是被联合国世界卫生组织（WHO）确认的一种安全高效强力杀菌剂，是国际上公认的氯系消毒剂最理想的更新替代产品，二氧化氯可以杀灭一切微生物，包括细菌繁殖体、细菌牙孢、真菌、分枝杆菌和病毒。在杀菌的同时ClO2不与水体中的有机物发生氯代反应，不会生成氯代有机物，造成二次污染。
二沉池出水自流入接触消毒池，加入二氧化氯消毒后排入城市下水道。消毒池采用接触消毒池，保证污水与消毒剂充分接触，不出现短流和死角，更好的杀死病原菌和病毒。池消毒装置采用全自动二氧化氯发生器，此装置具有操作简单、运行可靠、消毒高效、自动化程度高的特点。
（7）污泥浓缩池
所有污泥均在污泥池内浓缩，浓缩后剩余污泥通过污泥泵打入化粪池，上清液回调节沉淀池。浓缩池的污泥也得通过次氯酸钠消毒后排入化粪池。
至于污水处理过程中产生的废气，由甲方自行收集消毒排放。