汤森路透JCR的Journal Ranking没有设置大类学科，只分为176个具体学科，也就是中科院分区表中所指的小类学科。 参考的期刊影响因子年限不同

JCR分区参考的是上一年度的影响因子，而中科院分区参考的却是前三年的平均影响因子。 中科院期刊分区表常用1—4区，且分区前常用大类或者小类，1区只有5%的顶级期刊，2—4区期刊数量也逐层增加，常用说法为某本期刊在大类某学科为某区；JCR分区常用Q1—Q4（Q表示Quartile in Category），即4个等级中所处的位置，常用说法为某本期刊位于某学科的Q几，如描述期刊Nature的2014的JCR等级情况：期刊Nature位于Multidisciplinary Sciences学科的Q1。

JCR分区是按每区25%的等比例进行划分，中科院分区的一区、二区和三区的阈值均高于JCR分区的一二三区。 JCR分区是按照小类划分，共有176个。而中科院分区是将176个小类划分为14个学科门类。

JCR是按照“平均主义”思想，根据刊物IF的高至低平均划分4个区，每个区含有该领域总量25%的期刊； 中科院的分区如同社会阶层的金字塔结构，1区只有5%的顶级期刊，2~4区期刊数量也逐层增加。于是，采用中科院分区后往往出现“掉区”的情况。

显然中科院的1区和2区杂志很少，杂志质量相对也高，基本都是本领域的顶级期刊。所以有的人发表的论文按JCR分区标准算一区，而按中科院分区算2区甚至三区。 JCR是按当期（1年）的IF进行分区，中科院是按刊物前3年IF平均值进行分区。

中科院分区和jcr分区，虽然都是四个分区，但两个分区的写法是不同的。中科院分区分别是1区、2区、3区、4区。jcr分区分别是Q1、Q2、Q3、Q4。 中科院分区和jcr分区采用的都是同一学科期刊，按IF降序排列，划分为不同的分区。但中科院是按刊物前3年IF平均值进行分区，jcr是按当期(1年)的IF进行分区。

中科院分区有大类和小类之分，而jcr分区只有小类。在小类上，两者是一样的。