首班车6:00（12月27日开通当日9:00开始运营），始发站幸福站、易家桥站、先锋站；末班车22:00，幸福站和先锋站同时发出。
运行班次
2号线采用速度目标值80km/h的6辆编组B型车，初期配属车辆16列。区间平均运行速度约43km/h，单程运行时间约35分，停站时间为35-60秒，具体峰期时间和行车间隔请参照下表。
换乘方式和平桥站、文峰站为1、2号线的换乘站，乘客无需刷卡出站，下车后根据导向标牌的指引，即可实现快捷换乘。老人、儿童、携带大件行李的乘客，可通过无障碍电梯换乘。
2号线票价
2号线起步价为2元最高票价为5元换乘路线最高票价为7元
乘车优惠
▲身高1.3米及以下儿童免费乘车；
▲60周岁至64周岁老人刷卡实行5折优惠，65周岁及以上老人刷卡免费乘车；
▲南通市区中小学生刷卡实行5折优惠；
▲成人持第三代社保卡、市民卡实行9.5折优惠；
▲持“通通优”卡、优待证的优抚对象免费乘车；
▲轨道交通与公交之间换乘首次刷卡计时后60分钟（含）之内，每次换乘刷卡时在基础票价上首先优惠1元后再实行常规的刷卡优惠；
▲其他法律、法规及相关政策规定的免费或优惠乘坐人员凭本人有效身份证明或其他相关有效证明免费或优惠乘车。