大约在2009年，我追完漫画主线后，创作过一篇柯南同人（约十万字，原稿已佚失），但设定和结局至今记得。
黑衣组织BOSS为乌丸莲耶（没错，我早就猜到了，想起就很开心），他追求“永生，为此找人研发药物和开展神秘计划。
研发药物即A药，终极版是达到永生，但未能实现。
神秘计划即灰原哀口中的“半个世界前开展的计划”--克隆人+意识传输。
克隆人计划用来解释新一和快斗为什么长得很像，因为来自同一胚胎。
意识传输计划用来解释贝姐跟软件工程师板仓卓说的那些话。
大结局是酒厂覆灭，柯南（新一）脑部和身体受重伤……最后一幕，柯南和新一作为独立个体出现在同一个场景。
伏笔回收：为了救柯南/新一，利用组织的克隆技术和意识传输技术，将柯南（新一）一分为二，从此柯南和新一成为了两个完全独立的个体。柯南拥有所有的记忆，新一遗忘了所有关于柯南的记忆。
最后，柯哀一起长大，新兰幸福生活，所有人都得到了自己想要的。
这个设想很疯狂，偏科幻了，但当年为了HE，就这么想了，因为我是哀粉（笑）。