《闽中理学渊源考》卷76《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事，朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载。召修实录”。就是因为他反对诛毛文龙，直接被假归三年。
崇祯元年七月，袁崇焕进京面圣，当时“朝议忧毛文龙难驭。”——（《崇祯实录》卷1）
《雪庐焚馀》：逆帅之当斩，与先生之主斩， 上業心许之矣。”
“而总兵毛文龙，据海自恣，种种不法，流传参劾，明知之而无可奈何。臣昨年过都下时，九卿诸臣无不以此为虑，臣谓徐图之。辅臣钱龙锡为此一事，低回过臣寓私商。臣曰：入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也。”——《蓟辽督师题本》崇祯二年六月二十一日
《北使纪略》：“初六日，命备酒席，督师亲诣文龙棺前拜祭云：昨日我奉皇上命斩你，是朝廷法；今日祭你，是本部院情。遂下泪，各官将俱下泪感叹。”
“以堂堂中国，诛杀一将，有何难事，至于行计招往，密谋诛之耶！”——（《仁祖大王实录》卷二十一，叶二）