1946年陈毅等同志率领新四军到达山东，成立华东局，饶漱石为华东局书记，陈毅、黎玉担任副书记，统一领导山东、华中两大战略区的党政军工作。黎玉在此后还担任过新四军副政委、山东军区副政委、华东军区副政委等职务。他在陈毅同志的领导下，为粉碎蒋介石的全面进攻和重点.
在整个解放战争期间，黎玉同志主持的山东根据地不仅出色地完成了自身的任务，还向全国各个战场和兄弟部队输送了大批的兵员和物资，还向延安大量输送过资金和物资。罗荣桓率部北上的时候，山东抽调了最精锐的主力部队6万多人。仅解放战争时期，山东就有59万人参军，支前民工达到了700多人。对此，陈毅同志曾评价说：“我进棺材之前，忘不了黎玉同志和山东父老。有人说山东的党组织不行，我不以为然。淮海战役是打出来的，也是山东父老用车推出来的，用担子挑出来的。没有山东党，老百姓的这个觉悟是天生的吗？”
应该说，山东所作出的这些巨大贡献背后，少不了黎玉的身影。然而，为什么在山东革命历史上如此重要的黎玉，在建国之后却变得默默无闻，不为人知了呢？黎玉晚年在回忆录中用了4个字来解释——康饶肆虐。
1948年，山东在饶漱石、康生的主持下进行了一次土改复查工作，在这次复查中，他们错误地对黎玉进行了批判，并给他扣上了宗派主义、山头主义、富农路线等不符合历史事实的帽子。黎玉主持山东工作，华东局即根据《五四指示》的精神，制定了华东局《九一指示》，到1946年底，山东已有1000多人农民分得了土地，这个成绩是很显著的。
然而，1947年饶漱石从东北回到了山东，康生也从延安来到了山东。据黎玉回忆：“饶漱石和康生并非不知道当时的土改形势，康生在延安还参加了《五四指示》的起草工作，但是，他们一到山东，就说《九一指示》是错的，说山东党是‘富农党’，搞的是‘富农路线’。”黎玉对二人的这种说法给予了当面反驳，但二人依旧无动于衷，我行我素。
黎玉说“山东根据地对战争的贡献，是有目共睹的，曾经受到党中央、毛主席的一再表扬。在山东根据地的领导人中间，也一直是团结合作的。朱瑞、徐向前、罗荣桓、肖华等通知，都在山东工作过很长时间，我们之间从未有过所谓宗派主义、山头主义的说法。”
黎玉认为：饶漱石作为华东解放区的主要领导人，显然缺乏最起码的政治胸怀，这和徐向前、罗荣桓等同志是无法相比的。他回忆过饶漱石初到山东时的一件事，当时饶漱石刚下车就说：“我一进山东就感觉山东气味不对，象进了茅房一样臭气冲天。”
对于康生，黎玉认为此人好耍阴谋诡计，喜欢整人。
1986年3月13日，中央撤消华东局1948年对黎玉的结论，并恢复其政治名誉。后来曾有人问黎玉，他们这样不讲理，你为什么不和他们斗到底，反而要违心地检查呢？黎玉在回忆录中写道：
道理很简单。首先是战争大局的要求。当时，正值粉碎国民党军队重点进攻，关系到全国战局胜败的关键时刻，必须全力以赴共同对敌，不允许我们内部有任何摩擦。第二，当时我兼管财政、粮秣、支前等多项工作，只能从一些服从战争中，服从领导班子稳定的角度来考虑问题；第三，我长期在山东工作，山东的同志对我更加熟悉和信任，我的言行会直接影响下级的情绪；第四，饶漱石、康生根本不讲道理，我如果和他们公开斗争，势必会引起从上到下的内部斗争，甚至导致山东和华中两个地区干部的对立。“我为了避免内部分裂，确保战争的胜利，也只有牺牲个人以维护党的最大利益。”
历史不容胡说八道，言论自由不代表可以为阴谋家翻案洗白！