circRNA如何调控LIG1转录表达？

数据库分析筛选：通过FISH和核-细胞质RNA分离实验发现，circRNA主要分布在细胞核中。利用数据库（circAtlas2.0 database， ENCORI database; SPP database）分析发现，circRNA与LIG1启动子的结合蛋白有显著重叠，其中FOXA1是最显著的蛋白。进一步预测与FOXA1共同作用的蛋白，发现TET1与FOXA1结合。
调控互作复合体验证：在GEM耐药株中，CoIP验证FOXA1和TET1相互作用；进一步沉默FOXA1和TET1后，LIG1表达降低，证实在耐药株中FOXA1/TET1复合体协同调控LIG1表达。进一步通过ChIRP和RIP实验证实circRNA能够与FOXA1和TET1蛋白结合。
调控复合体功能：ChIP试验证实FOXA1和TET1结合在LIG1启动子的甲基化修饰区域，而circRNA的抑制降低了这种结合能力。MS-PCR实验显示，沉默circRNA或TET1增加了LIG1启动子的DNA甲基化水平，而过表达则相反。这些表明circRNA通过影响LIG1启动子甲基化水平，进而影响FOXA1/TET1复合体靶向结合LIG1启动子的能力。荧光素酶报告基因实验表明，沉默circRNA、FOXA1或TET1降低了LIG1启动子的转录活性，而过表达则增强了其转录活性。这些实验进一步表明circRNA/FOXA1/TET1对LIG1的促转录调控功能。
结论：circRNA通过结合FOXA1和TET1增强了LIG1的转录。
全文分享可查阅：【《Molecular Cancer》文献解读： 巧用IP/RIP/ChIP/ChIRP探究circRNA促进胰腺癌耐药的调控网络】。
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