FSC证书有效期为5年，但每年必须接受一次认证机构的审核以确认您是否持续遵守FSC认证要求。
申请FSC认证办理比较复杂，可以委托第三方办理，流程如下：
1、签订咨询合同，进行咨询辅导。
2、提出申请根据FSC要求，提出申请FSC认证，根据申请公司的基本材料判断成功的期望值及制定FSC认证计划。
3、签订合同按照确定的第一判断，要求认证方和被认证方签订合同。
4、审核评估在公司的安排下进行评估，评估的主要内容是：采购及木材来源控制产品分离（认证的和非认证的原料）收货、仓储和原材料发放培训和文件记录培训和工作人员信息确定公司的评估要点并且要遵守的措施需要讨论和报道FSC标志的正确使用。
5、认证报告在评估的基础上，认证人员形成一份报告，主要包括推荐的证书或为克服不足需要努力改进的活动。报告将直接到认证决策委员会以便作最后的评估。
6、证书和注册如果所有步骤都通过，将授予该公司认证证书。假如有必要也可附上一些条件，直到这些条件在规定时间得到满足。利用证书在市场的活动以及注册地FSC 标识标记的作用将严格被控制。
7、评估管理在一定的间隔（一般为一年一次），认证人员为了检查在报告中所定义条件的实施状况，将对公司实行一次短暂的和现场的审核。