方舟子13日发布微博称正式起诉崔永元侵害其名誉，索赔30万元，要求其删除微博登报道歉。随后，崔永元回应：“我认为你胜诉的几率等于零。”
因转基因玉米试吃事件而引发的方舟子和崔永元的嘴仗几个月来不断升级，如今，已经蔓延成一个法律问题。
方舟子在微博中表示，崔永元发表的涉案微博，要么是没有事实依据的、肆无忌惮的恶意诽谤，要么是恶毒的公然侮辱，使原告名誉受到严重损害，明显已违反相关法律规定、侵害了原告的名誉权。
崔永元也不退步，在微博中回应：“肘子(方舟子)终于决定告上法院了，太好了！就等这一天呢！咱们法院见！”得知方舟子正式起诉后，崔永元又表示，“肘子诉状写完了，现在可以有时间整理一下自己造过多少谣、侮辱过多少人、犯过多少次法了。新春伊始，万象更新，你重新做人的机会到了。不得不表扬的是，你终于选择了一次正确地解决问题的方法，早知如此，何必当初。当然，我认为你胜诉的几率等于零，还是要鼓励你走正路不走邪路。” (竹圆