绕过好望角后舰队沿非洲东海岸北上，在今天坦桑尼亚南部港口基卢瓦，该城的苏丹上船拜访达·伽马，达·伽马背信弃义地在船上将其扣押，然后以处死相威胁，要他每年向葡萄牙进贡。实际上，这是葡萄牙人以武力在印度洋上建立的第一个据点。在接近印度时，在坎纳诺尔附近，达·伽马的舰队袭击了一艘从麦加驶往印度卡利卡特的船只，船上有380多名去麦加朝圣后回家的人，包括许多妇女和儿童。葡萄牙人抢劫了这些乘客的财物和船上的货物，然后达·伽马下令水兵把船员和乘客全部关进船舱，下令烧船。这些不幸的人冲出来救火，达·伽马又下令向他们开火，并再次放火烧船。这场搏斗持续了四天四夜，濒于死亡的印度人把燃烧的木板向葡萄牙人的船只投过来，葡萄牙人不敢靠近这只船，只是隔舷战斗。一些着火的人发狂似的跳入大海而死。达·伽马下令，从船上救出20位男孩子，其余的全被烧死。
这些被救出的男孩子后来被运回葡萄牙，要他们皈依基督教。一位在场的葡萄牙人这样讲道：“在持续了长时间的战斗后，司令以最残暴和最无人性的手段烧毁了那只船，烧死了船上所有的人。”

采用残酷血腥的手段迫使非西方民族屈服，这是老殖民主义者惯用的手法。他们惯用的另一种手法是，利用被征服民族的内部矛盾，让当地人打当地人，以解决自己兵力不足的问题。有着大半个世纪殖民经验的葡萄牙人已非常熟悉这一套，达·伽马这个老练的殖民主义者使用这些手法已是得心应手。他与坎纳诺尔的土王结成同盟，并于这年10月底率舰队进攻卡利卡特。他用极其残忍的手段来开始他的军事行动，企图以此摧毁卡利卡特人的自信心：先把向他们提供鱼的38个渔民吊死在桅杆上，然后炮轰卡利卡特城。夜里，他命令把吊死的人取下来，砍下他们的头、手和脚，把身躯扔进大海，但把砍下的头、手和脚堆在一艘小船上，并在小船上放上一封信，信上说如果城里有人反抗，那么全城的人都要落到这样的下场。海潮把满载尸体躯干的小船送到了岸边，达·伽马下令再次向城里开炮。他用7艘船封锁卡利卡特，另外派4艘船分两批到其他地方抢劫香料。葡萄牙人与卡利卡特的战船进行了两次战斗，都取得了胜利。
这样，达·伽马达到了此航的目的--对印度的威慑政策初见成效。1503年2月，他的舰队乘着东北季风满载着香料启程回国，8个月后他们回到了葡萄牙。在那一时代的大探险家之中，达·伽马是相当幸运的，因为每次出航都取得了“成功”，因而都受到国王的优厚待遇，这次回来他还得到了伯爵的头衔。此后多年他没有再参加什么活动。但1524年4月，他被任命为印度副王（总督）。这年12月，他死于印度科钦。这是后话。

达·伽马的第二次印度之行，是葡萄牙全面控制印度洋的一次重要行动。1503年他离开印度时，在印度洋上留下了几艘船只，在亚丁湾附近海面巡航，掠夺从红海驶往印度洋的阿拉伯船只，以此破坏埃及与印度间的贸易。达·伽马回国后，葡萄牙国王每年都派新的舰队来印度，目的就是彻底摧毁阿拉伯人与印度各港口间的贸易，控制印度洋。为此，葡萄牙国王专门设立了印度副王职位。第一个担任这个职位的是弗兰西斯科·德·阿尔梅达。

2.阿尔梅达摧毁阿拉伯人和印度人的联合舰队
1505年3月，阿尔梅达率领20艘船只离开里斯本。
这些船只已不是亨利王子时代的那些小帆船了，而是一些船头和船尾都有建筑物的大帆船，有三四根桅杆和许多船员。这些船上有几百个受过军事训练的水手，1500个穿着甲胄的士兵，200来个炮手，还有各种各样的工匠，如木匠等。也就是说，这支舰队拥有随时修复受损船只的能力。阿尔梅达的任务是夷平所有印度和非洲的伊斯兰贸易城市，在沿途的关键港口设立堡垒，派武装人员驻守，保护葡萄牙到印度的航线。他还应当消灭埃及和印度的海军，严密控制一切港湾，不让非葡萄牙的船只运走一颗香料。此外，舰队还得传播基督教。舰队启航时，举行了类似十字军出征的仪式。国王在教堂里亲手将一面绣有上帝十字架的白绸缎做的新旗交给阿尔梅达，阿尔梅达跪着接过旗帜。所有出征的1500个军人做过忏悔和接受圣餐后，也都跪着向国王宣誓效忠，然后列队穿过城市向港口进发。在告别礼炮的轰鸣声中，舰队沿特茹河而下，缓缓驶向海洋。

阿尔梅达在东非的基卢瓦建立了一个要塞，并把东非沿岸几个城市抢劫一空。然后在印度柯钦设立了一个葡萄牙的采购站，实际上是葡萄牙在印度的贸易中心。
其舰艇经常在阿拉伯海上出没，猎获海上来往的阿拉伯和伊朗的船只。

要进一步控制印度洋，必须控制印度洋北部沿岸各港口。当时的东西方贸易大体上有两条海路，一条是从印度洋经波斯湾走陆路到地中海，另一条是横穿阿拉伯海，经红海，然后走一段不太长的陆路（苏伊士运河要到19世纪中期才开通）到地中海。所以葡萄牙不仅要控制红海的入海口，也要控制波斯湾的入海口，才能真正垄断印度洋上的贸易。控制波斯湾，必须占领扼守霍尔木兹海峡的霍尔木兹城。1507年，阿方索·德·阿尔布克尔克（又译“亚伯奎”）受命率舰队前往霍尔木兹海峡。他们抢劫、烧毁两岸的村庄，打死了许多阿拉伯人，又下令割掉所有被俘人员的鼻子。这些残忍的葡萄牙人还砍断男人的右手，割掉女人的耳朵。阿尔布克尔克下令炮轰伊朗人的船只，然后占领了霍尔木兹城，在这里建立要塞，强行征税。这样，葡萄牙人成了波斯湾的主人，不过他们尚未站稳脚跟，这次占领霍尔木兹城的时间不长。

阿拉伯商人或印度洋周边各地居民之间虽然向来缺乏团结，但也一直过着比较宁静的生活，现在终于都感到了来自异域的危险。埃及人在威尼斯的帮助下在红海上建立了一支舰队，这支舰队粉碎了葡萄牙在阿拉伯海北部巡航的一支小舰队，这支小舰队的司令是阿尔梅达副王的儿子。阿尔梅达集中了自己的全部军力，准备与阿拉伯人决一死战。1509年，在第乌岛附近的海战中，葡萄牙舰队打败了阿拉伯人和印度人的联合舰队。这场战争中出现了后来的殖民战争通常有的情况：不多的殖民主义军队打败了被征服民族的庞大武装。这次作战中，葡萄牙人出动了19艘船只，1800多士兵，而失败的一方则出动了2000多艘船和20000多个士兵。应该承认，当时东西方间武器的差异还不是很大，何况埃及人还受到了威尼斯人的帮助，所以葡萄牙人得胜的关键是其将士的素质，而失败的一方可能还有缺乏统一指挥、意见分歧和彼此观望等问题。

阿尔梅达的胜利使葡萄牙人大受鼓舞，国王把他召唤回国。但返国途中，他在好望角与霍屯督人的冲突中被打死。

3.果阿成为葡萄牙东方殖民活动的中心
葡萄牙人称霸印度洋的时机终于到来了。阿尔布克尔克接过印度副王的职位。他上任的第一个行动便是进攻马拉巴尔海岸的果阿。1510年3月他占领果阿，但由于大批印度军队逼近果阿，他暂时弃城出走。10月底他聚集大军再次攻占这座城市，然后下令处死城内所有的阿拉伯男子、妇女和儿童。他在给国王的信中说，他杀死了6000（一说8000多人）人。

从此，果阿成了葡萄牙人在东方进行殖民活动的中心。但只占领这一个城市是不够的，阿尔布克尔克在印度西海岸另外建立了一系列要塞，建立起对这一带许多主要港口城市的统治。通往印度各地海岸的主要航道都处在葡萄牙军队的控制下，没有他们的允许，任何商船都不准在印度洋上航行。对于未经许可而擅自在他们控制区内航行的船只，他们毫不留情地加以击沉或将其抢劫一空。对这些船上的船员，他们像对待海盗一样严厉地加以惩处。东非的阿拉伯城市都向葡萄牙人纳贡。他们还深入到阿拉伯半岛西部的许多港口，甚至威胁吉大港。1515年，阿尔布克尔克重新夺取霍尔木兹要塞，牢牢地控制了波斯湾的贸易。此后，葡萄牙占领着这个要塞达上百年之久。

此后，葡萄牙继续巩固在印度洋上的霸权。16世纪30年代先后占领印度的伯塞恩和第乌，该世纪中叶取得对锡兰（斯里兰卡）的控制权。葡萄牙人在印度的着眼点是贸易，只着眼于占领一些沿海港口。其巩固占领的措施多种多样：在这些港口建立炮台，与当地人通婚，向当地酋长每年发放黄金津贴，使之承认葡萄牙人的霸权。

（二）占领马六甲
1.征服马六甲
控制印度洋不意味着完全控制香料贸易，香料的主要产地在更远的东方。长期以来，东方向西方出口香料有两个重要港口，一个是印度的卡利卡特，另一个是远在印度以东的马六甲，印度尼西亚和马来亚的香料都是通过这儿运往西方的。

葡萄牙人虽然控制了卡利卡特，但马六甲的香料贸易，基本上仍掌握在阿拉伯人手中（这时期中国商人的活动范围限于马六甲海峡以东海域）。如果在印度的葡萄牙人仍必须向从东方马六甲来的阿拉伯商人手中购买香料，这意味着被打败的阿拉伯人依然可以从葡萄牙人手中获得可观的利润。另外，葡萄牙人对印度洋的控制也还是相对的，阿拉伯商人还是有办法继续把马六甲的香料运往红海。他们的三角帆船从锡兰以南的海域远远驶过，再进入红海，对此葡萄牙人仍有点鞭长莫及。只有占领马六甲，才有可能改变这种情况。

可见，要控制香料贸易，仅称霸印度洋是不够的，香料的主要产地不在这里，而在更远的东方。要掌握香料生产的源头，必须进一步往东扩张。1508年，葡萄牙国王批准了与马六甲建立商业联系的计划，派出洛佩斯·德·塞克伊拉率领的船队，其任务是从马六甲苏丹那里获得贸易许可证。塞克伊拉到达柯钦，协助阿尔梅达取得第乌海战的胜利后，就在当年趁着春季季风驶往马六甲。