在密教中，表示佛、菩萨等诸尊所说真言之梵字，这就是「种子字」。也是真言行者修字轮观时所观照者。所以称为「种子」者，乃因其具有「自一字可生多字，多字复可赅摄于一字」之意。故知「种子」一词，含有「引生、摄持」之义。例如「合」十字为一句，若以第一字为种子，则可依之「引生」下面九字所具有之观智，同时此九字之意义亦可「摄」入第一字。密教即以此理表示「若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字专注行观，修诸行愿，即能于一切行愿皆得圆满。”一般而言，「种子」具有三义，即：
（一）「了因义」，譬如由烟而识火之体性；经由观种子之字门，即可了知佛智。
（二）「生因义」，譬如由谷类等之种子可生出根茎花果等；由种子可生三昧耶形。
（三）「本有义」，意谓字门即诸法之根源，具足本来之性德，而可作为轨范者。
以具足上述三义，故密教诸尊多以之为表征。在密法真言方面的修持中，佛在殊胜法缘之庄严传法会上，当宣说此一法门之后，大多会随即咒曰：然后传授此法门的完整长咒，有的也会传此一殊胜法门之心咒，心咒即是该法门之浓缩精要版，而一部殊胜密法之「种子字」可以说是该法的「核心」，且「种子字」之发音及图形，更常被用来密持及观想。所以一部殊胜大法之「种子字」即代表此一法门的全部，而我们凡夫之辈，无法了解「种子字」的真谛，唯佛方能明白。
秽迹金刚的「种子字」就是「吽」，为「金刚部」、「王部」或「诸天部」的共同种子字，有疑惑、承诺、忿怒、恐怖等义。有关「吽」字的相关经典，介绍如下：
《乌枢瑟摩明王经》云：若称「吽」字降山，山碎。禁诸江海，能令枯竭。
若怨敌相向，先诵密言，乃称「吽」或「颇咤」，彼失心或碎首。
《金刚手光明念诵仪轨法品》云：诵「吽」字真言，能止云雨等。
《底哩三昧耶念诵法》云：若恶雨，行者瞋怒心，大声称「吽」字，恶云退散。
《大毗卢遮那大成就瑜伽》云：「吽」字是释迦如来忿怒狮子震吼声。
《大毗卢成佛经疏》云：「吽」字是「恐怖义」，为速满此诸佛功德，以牢强转进离垢三昧，同于涅槃之行，大怖一切诸魔，皆令退散也。
《大乐金刚理趣释》云：「吽」此一字具四字义。
（一）「贺」字以为本体。
（二）「贺」字从「阿」字生，由「阿」字一切法本不生故，一切法因不可得。
（三）其字有「污」声，一切法损减不可得。
（四）其字头上有圆点半月，即谓「么」字者，一切法「我」义不可得。我有二种，所谓「人我、法我」，此二种皆是妄情所执，名为增益边，若离损减、增益，即契「中道」。
日僧空海大师的《吽字义》云：今此「吽」字本体「诃」字，是则一切如来「菩提心」以为因也。下有三昧画，是「大悲」万行义。上有大空点，是究竟大菩提「涅槃之果」。以此一字，摄三乘人因、行、果等，悉摄无余，及以显教一乘秘密、一乘之因行等准知之；次明以此一字通摄诸经论等所明理者，且《大日经》及《金刚顶经》所明，皆不过此「菩提」为因、「大悲」为根、「方便」为究竟之三句，若摄广就略，摄末归本，则一切教义不过此三句。
慈氏菩萨造，《决定名义论》云：吽字即「法身」。阿字即「报身」。唵字即「化身」，如是三字摄此三身，彼分别说三乘解脱道，是为正说因。所有声闻缘觉及一切智智，由是出现说一切法，即彼三字，亦是金刚三业如实安住，唵字是名「金刚身业」。阿字「金刚语业」。吽字「金刚心业」。