玄尊作为仙门线的源头，虽然不可能讲得清他具体哪一年干了什么，但随着故事和他的弟子们的经历，他的一生几乎都明明白白的摊在面前了，时间顺序大致如下：
1、千年前（不知具体几千年）九黎之战，轩辕斩首蚩尤，蚩尤留下千年渴血，吞噬江山的蚩皇恨，蚩尤诅咒轩辕双子，魔始替玄尊挡劫，玄尊降世
2、玄尊、魔始着手末日计划，玄尊号玄黄尊首
3、玄尊、魔始兄弟失和，魔始游历九界结识剑宗
4、魔始引北州灵王杀末日神，与海宇之主结盟引走圣痕者，导致仲天堕落，玄尊向天借剑终止冥祸，被太曦封三界之主
5、玄尊成立仙门，收倚晴天为徒，具体事件不明，倚晴天因君时雨被贬为仙门罪人，为了不背叛仙门而自杀，君时雨为救倚晴天而死，劫红颜被魔始抹去记忆
6、魔始袭击战云界，玄尊救下年幼的意琦行
7、魔始吞灭鲛人一族导致灵识暴走，玄尊骗魔始到云顶后以向天借剑手刃亲弟
8、玄尊收非常君为徒，将他藏于陵寝传授武功
9、鬼族闹动，剑宗与玄尊击败鬼族，鬼族被封，女帝联姻玄尊，君奉天诞生，女帝暗杀玄尊被反杀
10、玄尊救下净龙与灵雀，开始了解八岐邪神与厄祸之始，净龙与灵雀照顾君奉天至幼年期
11、净龙灵雀自封灵兽图，君奉天在冰炎之地成长
12、君奉天成年，玄尊收玉逍遥为徒，奉天逍遥相遇，玄尊收默云徽为徒
13、示流岛之战，玄尊封印八岐邪神，救出劫红颜，玄尊被邪染侵蚀心性走向极端
14、玄尊参考鬼族血元造生制造末日十七，天迹与地冥偶遇
15、鬼麒主开启血河战役，奉天逍遥花十几年追击鬼麒主，在这期间西陵拂晓因未能赴约归还三心导致众天发狂屠戮西陵一族，被魔始以向天借剑打伤后寄体冥霾邪滍，君奉天与玉逍遥兵分两路，君奉天击杀鬼麒主，玉逍遥消灭冥霾邪滍后被众天附身
16、君奉天误解玄尊出走仙门加入儒门，玄黄三乘册封，天地人于窈窈之冥共修，天迹魔化日渐严重，玄尊为救天迹私下治疗，最终被众天引爆旧伤后一剑暗杀，轩辕长子陨落
17、地名自曝自己是杀害玄尊的凶手，天迹为报师仇与地冥决战被封天堂之门
原本玄尊的一生已经非常明朗了，然而太平在加入了靖玄线后导致原本还是算清晰的故事线往混沌发展了，首先第一个问题是，剑谪仙的死亡原因被定死是和血昆仑两败俱伤，而海宇之主很明确是在血昆仑死后获得战鳞成为宇外群雄，也就是说剑谪仙最晚只能出现在时间4，他的年纪应该远远大于玄尊，然而问题一，道皇曾出游海外与剑谪仙互赠仙器，剑谪仙的时间线不应该那么早，问题二是熵的玄尊极元中玄尊的残像知道天地人法，也就是说剑谪仙和玄尊在时间9-16之间并肩作战过，考虑到示流岛一战后玄尊不再动武，这个时间大致应该在时间12，这就导致出现了一个极大的矛盾：和剑谪仙打熵的究竟是年轻还是年老玄尊？是年轻玄尊的话他不应该认识玉逍遥和地冥，甚至认不认识君奉天都很难说，但如果是老年玄尊，那必定是在与八岐邪神交手前，这就导致与众天、海宇、圣痕者的时间线冲突，这还只是和剑谪仙之间理不清的时间问题，再加上其他角色的话只会更混乱