与酒厂的最终决战，工藤新一与幕后boss一起掉入了瀑布之中。当他再次被众人找到时已经变回了江户川柯南，并且失去了自己作为工藤新一的一切记忆，自此，世界再无工藤新一，只剩江户川柯南。
从外国回来的工藤夫妇“收养”了江户川柯南并回到了米花街的老宅，灰原哀也放弃了变回去的想法，住在柯南隔壁的博士家，和柯南一起重新长大，两个缺少童年的病友一起补完了自己曾经缺少的童年。
随着年龄的增长，柯南的推理和侦探能力并没有消失，伴随着与警方破获无数案件，柯南的名气越来越大，逐渐被世人称为“天才般的高中生”“平成时代的福尔摩斯”以及——“名侦探柯南！”
这每一场破获的案件背后，都有一位默默无闻的少女协助着他。灰原哀利用自己的聪慧与学识，帮助柯南破获了无数悬疑大案。面对着这位真正陪伴自己长大的“青梅竹马”和如同“华生”一般存在的女孩，柯南对她的好感与日俱增。最终在17岁那年，柯南相约灰原在游乐场里表白了自己的心意，但他不知道的是，眼前的女孩早在十年前就爱上了他……