一、粗饲料与小鼠基础饲粮 小鼠基础饲粮组成和营养水平参照 nrc 1994，粗蛋白、粗脂肪、粗纤维等是小鼠正常生长发育所必需的营养成分。 二 维持瘤胃正常功能和机体健康 适宜的粗纤维水平可避免淀粉迅速发酵产酸，降低胃内食糜 pH 值，抑制纤维素分解菌活性，影响正常消化机能，甚至导致机体酸中毒。 维持正常反刍 刺激胃壁，促进瘤胃蠕动和动物正常反刍，产生碱性唾液调节瘤胃内食糜酸度，保证瘤胃内微生物正常繁殖和发酵食糜。 （三）良

组学发现：作者通过RNA-seq技术，检测沉默circRNA的PANC-1/GEM耐药株细胞与对照细胞，发现739个差异基因， 包括520个上调基因和219个下调基因。这些差异基因在多种DNA损伤修复通路中富集，包括碱基切除修复、错配修复和核苷酸切除修复。在这些通路中，包含显著下调的共同基因LIG1。LIG1是DNA连接酶家族的成员，在几乎所有DNA损伤修复通路中发挥着重要作用。 应答检测：在GEM抵抗的PDAC组织中，LIG1也高度表达，并且与PDAC组织中的circRNA表达呈正相关。沉默c

小麦胚芽凝集素(WGA)概述 小麦胚芽凝集素（WGA）是一种植物源性的凝集素，主要从小麦胚芽中提取到，是目前研究最多且最有用的凝集素之一． 小麦胚芽凝集素(WGA)适用范围 用于标记哺乳动物细胞、革兰氏阳性细菌、酵母细胞纤维化瘢痕组织的细胞膜，从而进行荧光成像和分析。也可用于免疫荧光（IF）、免疫组织化学（IHC）和流式细胞术（FC）。 小麦胚芽凝集素(WGA)优点 1.高信噪比 2.荧光强度高 3.不受膜电位控制 4.适用于活细胞和固定细胞 5.对 N-乙

TRIM25是一种泛素连接酶，是否参与调控ITPKB蛋白稳定性积累呢？ 证据1：研究人员发现敲低Trim25，显著增加ITPKB蛋白积累；Trim25过表达则相反抑制其积累（图1a-b）。 证据2：加入蛋白酶体抑制剂MG132后，Trim25过表达诱导的ITPKB水平降低效应被逆转（图1c），表明Trim25通过蛋白酶体途径降低ITPKB的稳定性。 证据3：采用放线菌酮(CHX)追逐实验，发现Trim25敲低增加ITPKB蛋白的半衰期，Trim25过表达则相反（图1d-e）。 证据4：耐药细胞内源Co-IP分析显示Trim25敲低显著

酪胺染料的标记，可能会遇到的问题： 1.非特异性染色：酪胺染料在被HRP催化后，氧化的酪胺具有高度反应性，可能与样本中多个位置的蛋白质发生共价结合，导致背景信号增加。 建议：优化过氧化氢和酪胺的浓度，能减少非特异性染色。降低酶反应时间也有助于减少背景信号。这些都需要客户根据自己的实验进行调整，我们无法给他们一个确定的浓度去尝试。因为不同的实验，环境，操作，都会出现不同的结果。 2.过度放大导致的信号溢出：TSA是

第一步，TRPML1是通过泛素蛋白酶体途径降解的 蛋白酶体抑制剂MG132以浓度依赖的方式增强TRPML1的蛋白丰度，而BafaA1对TRPML1没有影响，表明TRPML1是通过泛素蛋白酶体途径降解的（图1a）。 第二步，β-TrCP可能是TRPML1泛素化的主要E3连接酶 Co-IP实验显示，β-TrCP过表达上调TRPML1泛素化水平，β-TrCP ΔF的失活体则不能（图1c）；此外，下调β-TrCP可降低TRPML1泛素化水平（图1d）。另外，Co-IP分析发现，K48R泛素突变体破坏了TRPML1的多泛素化，而K63R突变体则没有。此外

第一步，AARS1分别乳酸化YAP和TEADK90和K108位点 乳酸化蛋白质组学KEGG分析富集多种通路，重点集中在Hippo信号通路上，YAP和TEAD1分别在K90和K108位点发生了乳酸化（图1a-b）。IP-WB检测也显示YAP-TEAD发生乳酸化（图1c）。此外，构建YAP K90R和TEAD1 K108R突变体进行IP-WB检测显示没有发生乳酸化（图1d）。另外，葡萄糖剥夺降低YAP-TEAD1的乳酸化水平，而乳酸处理明显恢复其的乳酸化水平（图1e-f）。 第二步，AARS1与YAP-TEAD1相互作用 Co-IP实验发现AARS1与YAP-TEAD1互作（图1g

一、百萤 pH荧光探针Protonex 红600参数 Ex(nm) 576 Em(nm) 597 分子量 698.94 溶 剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存，避光防潮 二、百萤 pH荧光探针Protonex 红600概述 Protonex Red染料显示出pH依赖性荧光。与大多数在较高pH下荧光更强的荧光染料不同，酸性条件可增强Protonex Red染料的荧光。随着pH从中性降低到酸性，Protonex Red染料的荧光急剧增加。细胞外缺乏荧光消除了洗涤步骤。Protonex Red染料为监测酸性细胞区室（如内体和溶酶体）提供了强大的工具。Protonex Red染料

第一步，探讨PRMT1在肝细胞癌中上调的机制 已有结果显示，PRMT1的蛋白水平在HCC中上调，但PRMT1 mRNA水平没有变化。推测泛素-蛋白酶体降解可能参与PRMT1的上调。用两种不同的蛋白酶体抑制剂处理细胞，发现PRMT1蛋白水平呈剂量依赖性增加（图1a），表明PRMT1的蛋白水平可以通过泛素介导的降解来调节。 第二步，确定PRMT1降解的关键泛素连接酶 根据设计的筛选策略，E3泛素连接酶FBXO7为候选互作蛋白（图1b-c）。IP-MS分析显示FBXO7是前10个与PRMT1相互作用的候

第一步，初步确定OTUD5潜在的底物蛋白 作为去泛素化酶（DUB），OTUD5通过去泛素化底物蛋白起作用。利用IP-MS鉴定潜在的互作蛋白（图1a）。质谱鉴定的前15个潜在结合蛋白中，TAK1被证实在足细胞炎症和DKD进展中具有关键的调节作用（图1b）。因此，假设OTUD5通过去泛素化TAK1在足细胞中负调控炎症和损伤。 第二步，确定TAK1与OTUD5相互作用 内源性Co-IP实验证实，OTUD5与TAK1在细胞和小鼠肾组织均存在相互作用（图1c-d）。同时，外源性Co-IP实验也显示，OTUD5与T

一、百萤活性氧Cell Meter线粒体羟基自由基检测试剂盒简介 细胞内羟基自由基的检测对于理解适当的细胞氧化还原调节及其失调对各种病理的影响至关重要。羟基（HO·）是与其他分子高度反应的活性氧（ROS）之一，以实现稳定性。通常，羟基被认为是氧化代谢的有害副产物，其可以在生命系统中引起分子损伤。它显示平均寿命为10-9秒，可以与几乎所有生物分子如核DNA，线粒体DNA，蛋白质和膜脂质发生反应。 MitoROS OH580是活细胞渗透探针，可以快速和选

1.什么是DiI？它的用途是什么？ 答：DiI即DiIC18（3）是常见的细胞膜荧光探针之一，全称为1,1'-dioctadecyl-3,3,3',3'-tetramethylindocarbocyanine 。呈现橙红色荧光。DiI是一种亲脂性膜染料，进入细胞膜后可以侧向扩散逐渐使整个细胞的细胞膜被染色。DiI在进入细胞膜之前荧光非常弱，仅当进入到细胞膜后才可以被激发出很强的荧光。DiI被激发后可以发出橙红色的荧光。它的家族还有DiR、DiO、DiA、DiS、DiD。 2.如何区别DiI探针中的C12、C16、C18？ 答：从水溶性

糖尿病肾病（DKD）是一种普遍存在的慢性肾脏疾病，是终末期肾病进展的主要原因。足细胞是覆盖GBM外表面的高度分化的上皮细胞，对于维持GBM的完整性至关重要。因此，足细胞损伤的程度通常用来评估DKD的进展。此外，足细胞中的炎症积聚与足细胞损伤的加重密切相关。 2024年6月，温州医科大学梁广团队在Nat Commun（IF=14.7）上，发表“Podocyte OTUD5 alleviates diabetic kidney disease through deubiquitinating TAK1 and reducing podocyte inflammation and injury”的研究成果。揭示

UBE2C促进SNAT2的单泛素修饰，抑制其多泛素修饰。 检测步骤： 第一步，筛选UBE2C蛋白底物SNAT2 IP-MS和泛素蛋白质组学检测发现：SNAT2是UBE2C泛素修饰的底物（图1a）。 第二步，UBE2C与SNAT2相互作用 Co-IP等实验检测证实UBE2C与SNAT2相互作用（图1 b-c）。 第三步，发现UBE2C促进SNAT2的单泛素化，阻断K63连接的泛素链的延伸 Co-IP分析显示发现UBE2C促进SNAT2的单泛素化，但阻断了泛素链的延伸（图1 d-e）。分别构建不同泛素突变体Ub-WT,K6R,K11R,K 27R, K29R, K33R，K48R，K63R(基

肝细胞癌(HCC)是世界范围内癌症致死的第三大常见肿瘤，术后复发和转移是临床高致死率的痛点。临床研究识别驱动基因和阐明关键网络，可以促进发现HCC治疗的前瞻性策略。 2024年7月，南通大学郑文杰、赵辉及刘东团队共同在Cell Death Differ（IF=13.7）上，发表“Ubiquitin-specific protease 1 facilitates hepatocellular carcinoma progression by modulating mitochondrial fission and metabolic reprogramming via cyclin-dependent kinase 5 stabilization”的研究成果，揭示了泛素特异性蛋白酶1 (USP1)在肝

穗基云盟-质粒共享1.0版 云盟质粒初始库： 人cDNA细菌文库：29177个克隆，覆盖16654个基因。 蛋白表达质粒库：细菌/酵母/哺乳系统表达质粒，若干。 瞬时表达质粒库：pCDNA等系列目的载体，若干。 慢病毒质粒库：过表达/敲减/敲除目的质粒，若干。 更多精彩细节，欢迎留言探讨。 云盟愿景：共享质粒，促进繁荣。

一、百萤 活性氧ROS Brite HPF简介 活性氧（ROS）是含氧的化学反应性分子（如超氧化物，羟基，单线态氧和过氧化物）。由于存在不成对的价电子，ROS具有高反应性。 ROS形成氧的正常代谢的天然副产物，并且在细胞信号传导和体内平衡中具有重要作用。然而，在环境压力（例如，UV或热暴露）期间，ROS水平可显着增加。这可能导致细胞结构的显着损害。累积地，这被称为氧化应激。 ROS也由外源性源如电离辐射产生。在氧化应激条件下，ROS产生显着增加

请问一下大家，有没有人碰到这种情况：构建表达载体时，菌液PCR用的是载体引物+目的片段引物验证，条带单一明亮且正确，但是用载体的引物测单向却失败无信号。 是哪里出了问题呀？

1.百萤 SO Green 520WS单线态氧探针参数 Ex -- Em -- 分子量 N/A 溶剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存，避光防潮 2.百萤 SO Green 520WS单线态氧探针介绍 SO Green 520WS 单线态氧探针被开发为水溶性荧光探针，用于检测细胞外单线态氧，因为它不渗透细胞。它对单线态氧具有高度选择性。与其他可用的荧光和化学发光单线态氧检测试剂不同，SO Green 520WS 单线态氧探针不会对羟自由基、超氧化物或其他活性氧 (ROS) 显示任何明显的响应。该指示剂仅呈现微弱的蓝色荧光。

三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌中最恶性的亚型。TP53突变是肿瘤常见的抑癌转促癌突变。在TNBC患者中，TP53突变率高达80%，其突变会导致化疗耐药或免疫治疗效果差等临床问题。因此，迫切需要阐明分子机制并确定TNBC进展的新靶点。 2024年7月，山东大学杨其峰团队在Adv Sci（IF=14.3）上，发表“CircCFL1 Promotes TNBC Stemness and Immunoescape via Deacetylation-Mediated c-Myc Deubiquitylation to Facilitate Mutant TP53 Transcription”的研究成果，提示了TNBC中突变TP53调控的新机制，并为TNB

鼻咽癌（NPC）是一种影响头颈部的癌症。目前，化疗是局部晚期鼻咽癌（LA-NPC）患者的标准方案。然而，约10%的鼻咽癌患者出现化疗耐药，导致预后不理想。因此，阐明化疗耐药的分子机制至关重要。 2024年7月，中山大学唐玲珑和赵银团队在Adv Sci（IF=14.3）上，发表“DCAF7 Acts as A Scaffold to Recruit USP10 for G3BP1 Deubiquitylation and Facilitates Chemoresistance and Metastasis in Nasopharyngeal Carcinoma”的研究成果，发现DCAF7在体外和体内促进鼻咽癌细胞的顺铂耐药和转移。 图

乳酸丰富是肿瘤的结果，肿瘤即使在含氧量正常的情况下，也会利用糖酵解作为能量代谢的主要来源，这种Warburg效应，促使肿瘤细胞具有丰富的乳酸代谢特征。存在即合理，肿瘤乳酸的促癌机制，是肿瘤靶点开发的重要内容。 2024年3月，同济大学、复旦大学及安徽科技大学等多单位合作在J Clin Invest（IF=13.3）上，发表“The alanyl-tRNA synthetase AARS1 moonlights as a lactyltransferase to promote YAP signaling in gastric cancer”的研究成果，研究发现tRNA合成酶丙氨酰-tRNA合成

一、百萤 Annexin V-Cy5标记简介和工作原理 细胞凋亡是细胞的基本特征之一，它在机体的胚胎发育、组织修复、内环境的稳定和一些疾病发生过程等方面起着十分重要的作用。 在正常细胞中，磷脂酰丝氨酸（PS）只分布在细胞膜脂质双层的内侧，而在细胞凋亡早期，细胞膜中的磷脂酰丝氨酸（PS）由脂膜内侧翻向外侧。在体内，巨噬细胞可以识别翻转到细胞膜表面的PS 从而将这些程序性死亡的细胞清除，因此凋亡过程中并不伴随局部的炎症反应，而在细

STI-PCR（SuppressionThermo-Interlaced PCR）扩增DNA片段超能力：用引物合成DNA片段7 kb；任意序列拼接24 kb；基因组扩增38 kb。 按：生命科学研究不断走向纵深，从单基因研究到系统生物学研究，都离不开对基因的操纵。过去，PCR技术极大的推动了生命科学研究的进程。现在，在更复杂的系统生物学领域，扩增操作长片段 DNA时，PCR遇到新的挑战。长片段DNA扩增（>10kb）容易出现非特异片段或引物二聚体的扩增，与目标片段形成竞争扩增，从而降低了长目标片段

研究表明免疫治疗或放疗可诱导肿瘤细胞铁死亡；相反，铁死亡可促进肿瘤治疗的效果。靶向诱导铁死亡是极具 潜力的肿瘤治疗方式。 2024 年 6 月，中山大学肿瘤防治中心邓蓉、朱孝峰团队在Science Translational Medicine（IF=15.8）上，发表“TRPML1 triggers ferroptosis defense and is a potential therapeutic target in AKT-hyperactivated cancer”的研究成果，揭示了TRPML1-ARL8B 介导的溶酶体胞吐通过抵抗铁死亡，促进 AKT 驱动的肿瘤发生和治疗耐受。 图形摘要： Highlights如下： 1）筛

新手，不管是5微还是7.5微marker跑出来都很暗，然后点的样品5微，是不是没跑开，做几次还是这样，找不到原因

肝癌细胞富含脂滴是该癌种的显著特征。肝癌细胞由于快速增殖，需要动员储存在脂滴中的脂质，通过线粒体脂肪酸氧化磷酸化来产生能量，以满足其快速增殖的需求。然而，肿瘤细胞如何调节脂滴与线粒体的相互作用目前尚不明确。 2024年5月，浙江大学转化医学研究院/浙江大学医学院附属第一医院/国家基础科学中心/浙江大学基础交叉研究院吕志民教授/许大千研究员团队在Nature Metabolism上，发表“Glycolytic enzyme PFKL governs lipolysis by promoting lipid droplet

百萤 Annexin V-AF488标记参数： Ex(nm)：499 E m(nm)：520 分子 量：~36000 溶 剂：Water 存储条件：在零下15度以下保存，避免光照 百萤 Annexin V-AF488适用仪器 （1）流式细胞仪 激发：488nm激光 发射：530/30nm滤波片 通道：FITC通道 （2）荧光显微镜 推荐孔板：黑色透明 通 道：Pacific Blue通道 百萤 Annexin V-AF488实验方案 概述 用测试化合物（200μL/样品）制备细胞 添加Annexin V结合物测定溶液 室温孵育30-60分钟 用流式细胞仪或荧光显微镜分析 1.用膜联蛋白V缀合物制备和孵

一、百萤 Annexin V-Cy3标记概述： Annexin V-Cy3标记是用于检测细胞功能的探针，膜联蛋白是钙依赖性磷脂结合蛋白家族。 它们富含真核生物，属于参与信号转导的普遍存在的细胞质蛋白家族。 膜联蛋白V的优先结合配偶体是磷脂酰丝氨酸（PS），其通常保持在细胞膜的内叶（细胞质侧）。 在细胞凋亡中，PS被转移到质膜的外部小叶。 磷脂酰丝氨酸在细胞表面上的出现是细胞凋亡的初始/中间阶段的通用指示，并且可以在观察到形态变化之前检测到。 我们的

代谢异常是肿瘤细胞的重要特征之一，与肿瘤发生发展密切相关。氨基酸代谢是肿瘤代谢偏好的重要特征，是肿瘤诊疗的潜在靶点。本文介绍丝氨酸合成代谢在肝癌中的功能和机制，为丝氨酸代谢异常的靶点开发提供分子基础。 2024年6月，四川大学王魁研究团队在Nature Communications杂志上，发表“FBXO7 ubiquitinates PRMT1 to suppress serine synthesis and tumor growth in hepatocellular carcinoma”的研究成果，揭示了E3泛素连接酶FBXO7通过促进 PRMT1泛素化降解、抑制丝氨酸代谢

铁死亡是一种由大量脂质过氧化物积累所驱动的调节性细胞死亡方式，与肿瘤发病密切相关，其调控机制尚不清楚。因此，深入理解肿瘤细胞抵抗铁死亡的分子机制，将为肿瘤治疗提供新策略。 2024年4月，武汉大学医学研究院、教育部免疫与代谢前沿科学中心、中南医院以及泰康生命医学中心团队在PNAS杂志上，发表“USP8-governed GPX4 homeostasis orchestrates ferroptosis and cancer immunotherapy”的研究成果。该研究揭示了USP8通过稳定谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）来抵

分析方案 概述 用测试化合物（200μL/样品）制备细胞 添加Annexin V结合物测定溶液 室温孵育30-60分钟 用流式细胞仪或荧光显微镜分析 1.用膜联蛋白V缀合物制备和孵育细胞： 1.1制备膜联蛋白V结合测定缓冲液：10mM HEPES，140mM NaCl和2.5mM CaCl2，pH 7.4。 1.2用测试化合物处理细胞一段所需的时间（用星形孢菌素处理的Jurkat细胞4-6小时）以诱导细胞凋亡。 1.3离心细胞，得到1-5×105个细胞/管。 1.4将细胞重悬于200μL膜联蛋白V结合测定缓冲液中（来自步骤1.1）。 1.5在

1.膜联蛋白结合缓冲液（10X）简介和工作原理 膜联蛋白 V 结合缓冲液 * 10X 优化用于成像和流式细胞术* 是一种等渗缓冲液，用于促进使用膜联蛋白 V 偶联物标记凋亡细胞。 该缓冲液的 pH 值为 7.4，含有浓度的钙，可促进膜联蛋白 V 与凋亡细胞表面暴露的磷脂酰丝氨酸残基结合。 膜联蛋白 V 结合缓冲液 *10X 优化用于成像和流式细胞术* 以 10X 浓缩液形式提供。 在膜联蛋白 V 染色之前，我们建议使用蒸馏水将 10X 浓缩液稀释为 1X 工作溶液。 实验后，丢弃

基于HuProt蛋白组芯片筛选目的蛋白的互作蛋白技术服务蛋白组芯片是一种蛋白组通量的蛋白芯片工具，可以对目标样本进行蛋白组通量水平的结合蛋白谱检测和评价。HuProtTM v4.0蛋白芯片是目前世界上包含大蛋白库的蛋白组芯片产品。HuProtTM v4.0蛋白芯片包含>21000个蛋白，覆盖人蛋白组81%的蛋白。样本中的蛋白与蛋白芯片上的蛋白通过特异性结合作用，从而识别目的蛋白的互作蛋白特征谱，用于研究蛋白的相互作用网络，揭示生命活动的复杂机制。 蛋

RIP实验详细操作方法： 一、细胞裂解(对于单层细胞或贴壁细胞) 1.用10 mL冰冷的PBS洗涤培养瓶或平板上的细胞两次。 2.加入10 mL冰冷的PBS。从每个培养瓶或平板上刮下细胞，然后转移到离心管。 3.通过在4℃下以1500 rpm离心5分钟来收集细胞，并丢弃上清液。 4.在等体积的完全RIP裂解缓冲液中重新悬浮细胞颗粒。通过上下移液混合，直到细胞被分散，混合物呈现均匀。将裂解液放在冰上孵育5 min。这一步允许低渗RIP缓冲液膨胀细胞。将每个裂解液的~200 μL分

铁死亡（Ferroptosis）是一种铁离子依赖的，脂质过氧化积累导致的细胞破裂程序性死亡，是一种区别于细胞凋亡坏死的新型细胞死亡方式。靶向铁死亡是开发肿瘤精准治疗的重要路径。 2024年2月，美国哥伦比亚大学顾伟教授团队在Cell Metabolism杂志上，发表“PHLDA2-mediated phosphatidic acid peroxidation triggers a distinct ferroptotic response during tumor suppression”的研究成果，揭示了一种膜结合蛋白PHLDA2（Pleckstrin homology-like domain family A member 2）介导且不依赖于GPX4的新型铁

肝细胞癌（HCC）是原发性肝癌最常见的类型。HCC 的肿瘤干细胞（CSCs）是引发肝癌病变异质性和促进肿瘤复发、转移、治疗耐药的重要原因。因此，了解 CSCs 发生和发展的调控机制将为改善 HCC 患者预后提供机会。 2023年9月，中国医学科学院/北京协和医学院与同济大学团队合作在Nat Commun杂志上，发表“SCARB2 drives hepatocellular carcinoma tumor initiating cells via enhanced MYC transcriptional activity”的研究成果。该研究揭示SCARB2作为HCC的调节剂和潜在治疗靶点。 图形摘

专题（一）介绍转录因子与靶基因启动子、专题（二）介绍蛋白质与蛋白质的互作预测。本次介绍蛋白质与RNA互作。先上应用实操总结（同专题一/二总结类似，看过可忽略直接进入实操正文）： 优点：利用AlphaFold3预测蛋白与靶RNA互作，目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具，make it（互作机制研究） easier。建议结合其他生信分析网站，如catRAPID、RBPDB等网站（干实验数据），或充分整合自己项目的RIP-Seq互作组数据（湿实验数据），

Annexin V是一种高效的蛋白质，广泛应用于细胞生物学研究。它具有高亲和力，能够特异性地结合到外翻的磷脂酰丝氨酸（PS）上，这一现象在细胞凋亡早期阶段尤为明显。因此，Annexin V已成为检测细胞凋亡的标准工具。 荧光标记的Annexin V更是如虎添翼，通过与不同颜色的荧光染料结合，研究人员可以在流式细胞术和荧光显微镜等技术中，轻松、高效地检测和分析细胞凋亡。 Annexin V优点主要包括： 1. 高灵敏度和特异性：荧光标记的Annexin V能够准确识别

膀胱癌(BLCA)是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一，每年约有57万新发病例和21万例死亡。由于其易复发且需要持续监测和随访，是经济负担最高的癌症之一。因此，探索BLCA发生、发展的机制对寻找诊断和治疗方法至关重要。 2023年4月，武汉大学中南医院王行环教授团队在Nature Communications上发表了题为“DNA polymerase POLD1 promotes proliferation and metastasis of bladder cancer by stabilizing MYC”的最新研究成果。在体内和体外实验中证明了POLD1能够促进膀胱癌的增殖和转移，

比如1和0.69算是有显著差异吗、虽然是下调 还有就是问下基因表达量大于多少时为过表达，还是显著上调就算过表达呢

专题一介绍了转录因子与靶基因启动子互作，本次介绍蛋白质与蛋白质互作预测。先上应用实操总结（同专题一总结类似，看过可忽略直接进入实操正文）： 优点：利用AlphaFold3预测目的蛋白与候选蛋白互作，目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具，make it easier，会让互作机制研究会更容易些。建议结合其他生信分析网站，如PPI、BioGRID、IntAct，ComplexPortal等网站（干实验数据），或充分整合自己项目的CoIP-Mass或HuProt蛋白组芯片互作组数

直奔主题，先上应用总结： 优点：利用AlphaFold3预测转录因子蛋白与靶基因启动子DNA互作，目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具，会让互作机制研究会更容易些，make it easier，和基云的服务理念一致。建议结合其他生信分析网站，如JASPAR、hTFtarget等网站（干实验数据），或充分整合自己项目的ChIP-Seq互作组数据（湿实验数据），进行初步分析，然后再用AlphaFold3进行预测验证，将会提高互作机制研究的成功率。 缺点：AlphaFold3毕竟是基

生物复合物准确模型的建立对于细胞功能解析与药物设计至关重要。alphaFold 3(AF3)的出现改变了这一局面，它能够预测包括蛋白质、DNA、RNA、配体小分子、离子和修饰残基在内的复合物的联合结构。AF3的高精度预测能力将为我们更深入地理解细胞功能、合理设计治疗药物以及推动生物科学的发展提供有力的支持。 一、模型预测性能 1.蛋白-小分子配体结构预测准确性更高AF3还比各种单一任务模型表现出更高的性能(图1a)，包括蛋白-小分子、核酸、共价、

AlphaFold 2(AF2)的问世引发了蛋白质结构及其相互作用建模的革命，使得在蛋白质建模和设计领域有了广泛的应用。 Google DeepMind and Isomorphic Labs团队在5月8日Nature的最新论文“Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold3”描述了最新推出的AlphaFold 3 (AF3)模型，采用了一个大幅更新的基于扩散的架构，能够联合预测包括蛋白质、核酸、小分子、离子和修饰残基在内的复合物的结构。 新的 AlphaFold 模型在许多先前专门工具上显著提高了准确性：在

一篇稿子的命运，质量是录用的前提；而外审的客观评价，则是影响稿子录用的关键因素。外审认为孺子可教，那就会录用，外审认为朽木不可雕，那就不会录用，就是这么简单。 所谓的关系稿，和直投稿，道理是相通的。关系稿能加快或一定程度影响外审直接认为孺子可教，这并不完全客观，有主观干预成分。而直投，则需要寻找到认为孺子可教的杂志和外审，劣势在于需要更多时间，而优势也很明显，则是客观公正公开。 去伪寻真，不造神话，