perl统计文件行数

#!/usr/bin/perl -w
system("/usr/local/bin/bowtie -p 10 -a -v 0 -f /home/databases/maize/v3 EcoR1-6.fa bowtie_out.txt ");
my $count=0;
open(IN,"bowtie_out.txt");
while (<IN>){
$count++;
}
my $ecor1_num=$count/2;
close IN;
print "EcoR1 locus number is $ecor1_num \n";

bowtie -p 10 -a -v 0 -f /home/databases/maize/v3 EcoR1.fa EcoR1_bowtie_out.txt
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
use File::Spec;
my $small_grep_file;
my $large_file;
my $output;
# Get user input
# usage
my $usage = "
Usage: $0 [-ref|
large.file] [-g|grep.file] [-o|out.file]
Algorithm options:
-ref large file
-g file which is used for grepping
-o out.file
Note: Please read the man page for detailed
description of the command line and options.
\n";
#if not input files provided, quit and print usage information
if( !$ARGV[0] ){ die "$usage"; }
GetOptions(
"g|
small_grep_file=s" => \$small_grep_file,
"ref|large_file=s" => \$large_file,
"o|output=s" => \$output,
);
open(IN,$small_grep_file) or die "$!\n";
my $name;
while(chomp($name=<IN>)){
system(" cat $large_file |grep $name >>$output ");
}
close IN;
exit;

Perl不会解析单引号中的内容，但是会解析双引号中的。如果将变量放在单引号中，Perl仅仅会认为它是用户要显示字符（\’和\\除外的转义字符也不会解析），但是如果将其放在双引号的字符串里，它将被解析为一个变量。而且Perl还会解析变量字符串里的特殊字符。即使用单引号表示字符串时可以不用\作为转义字符，例如：$str = ‘This is a string’;print ‘The String is $str’;输出如下：The String is $strPerl还提供了两个函数由于引用字符串：q和qq。q函数的功能和单引号类似，qq函数的功能和双引号类似。这两个函数的主要目的是使用户在不用使用\’、\\和\”等特殊字符的情况下，就能在字符串中使用单双引号。

对应11的显示结果；
# reads processed: 1
# reads with at least one reported alignment: 1 (100.00%)
# reads that failed to align: 0 (0.00%)
Reported 985460 alignments to 1 output stream(s)
EcoR1 locus number is 492730

Bowtie2使用方法与参数详细介绍
Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \--un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S []
用法：bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]
必须参数：-x <bt2-idx> 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻，然后在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。-1 <m1> 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和 -2 <m2> 中制定的文件一一对应。比如:"-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,flyB_2.fq". 测序文件中的reads的长度可以不一样。-2 <m2> 双末端测寻对应的文件2.-U <r> 非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。测序文件中的reads的长度可以不一样。-S <hit> 所生成的SAM格式的文件前缀。默认是输入到标准输出。
以下是可选参数：输入参数-q 输入的文件为FASTQ格式文件，此项为默认值。-qseq 输入的文件为QSEQ格式文件。-f 输入的文件为FASTA格式文件。选择此项时，表示--ignore-quals也被选择了。-r 输入的文件中，每一行代表一条序列，没有序列名和测序质量等。选择此项时，表示--ignore-quals也被选择了。-c 后直接为比对的reads序列，而不是包含序列的文件名。序列间用逗号隔开。选择此项时，表示—ignore-quals也被选择了。-s/--skip <int> input的reads中，跳过前<int>个reads或者pairs。-u/--qupto <int> 只比对前<int>个reads或者pairs（在跳过前<int>个reads或者pairs后）。Default: no limit.-5/--trim5 <int> 剪掉5*端<int>长度的碱基，再用于比对。(default: 0).-3/--trim3 <int> 剪掉3*端<int>长度的碱基，再用于比对。(default: 0).--phred33 输入的碱基质量等于ASCII码值加上33. 在最近的illumina pipiline中得以运用。--phred64 输入的碱基质量等于ASCII码值加上64.--solexa-quals 将Solexa的碱基质量转换为Phred。在老的GA Pipeline版本中得以运用。Default: off. --int-quals 输入文件中的碱基质量为用“ ”分隔的数值，而不是ASCII码。比如 40 40 30 40...。Default: off.

接上链接
http://www.plob.org/2012/09/02/4540.html

bowtie
http://www.plob.org/2011/12/13/932.html

http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201422735644352/
bowtie与bowtie2 对比

bowtie 比对
http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
http://www.ncrna.net/bowtie-short-sequence-alignment-tool-detailed-solution/
http://www.plob.org/2011/12/13/932.html
常见的短序列比对工具有很多，如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点，但同时也具备了一些缺点。权衡利弊，我选择bowtie作为主要的短序列比对工具。它速度很快，比对结果也容易理解。
现在举个例子来探讨bowtie的使用方法：现在有GENOME.fa、高通量测序数据Reads.fa，我们希望将Reads.fa比对到基因组GENOME.fa上。
（一）、对Reference文件(GENOME.fa)建库
1 bowtie-build GENOME.fa GENOME.fa
建库步骤可能需要1h甚至几个小时，建议在后台执行：
nohup bowtie-build GENOME.fa GENOME.fa &
（二）、将Reads.fa比对到GENOME.fa上，只能比对到正链，且匹配到基因组不多于20个不同位置，允许有1个错配
1 bowtie -f -a -m 20 -v 1 --al Reads_aligned --un Reads_unaligned --norc GENOME.fa Reads.fa Reads.bwt 2> log
注：
-f 指定query文件为fasta格式
-a 保留所有比对结果
-m 指定最大比对到基因组的次数
-v 允许最大错配数，为[0-2]
--al 能map到GENOME的reads，fasta格式
--un 不能map到GENOME的reads，fasta格式
--norc 不输出匹配到负链的结果；如果不想输出比对到正链的结果，则用"--nofw"。不指定该选项则正负链结果都输出
后面依次写上GENOME索引文件，Reads文件，输出结果文件Reads.bwt，日志文件log。
（三）、bowtie输出结果的说明
12 sample001_x75 + Chr1 12453 ATCGGCCAATTACGGACTTAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 4 9:G>T 1 2 3 4 5 6 7 8
1. query id
2. "+"表示正向match；"-"表示对query作反向互补后match
3. reference id
4. 第2列为"+"时，表示query 第一个碱基map到reference(5*->3*)上的位置，0-based(以0开始)；第2列为"-"时，表示query的反向互补序列第 一 个碱基map到reference(5*->3*)上的位置，0-based(以0开始)
5. 如果第2列为"+"，则和query序列一致；否则，和query序列反向互补
6. 质量文件，如果query文件为fasta格式，则无法获取质量文件，用I代替，I的数量与query序列长度一致
7. 当前query能map到GENOME的4个不同位置
8. 如果存在第8列，表示有mismatch。第8列可以分为三个部分，最左端的数字，中间的碱基为reference碱基，最右端的碱基为query碱基，下面分情况讨论：
第2列为"+"时：最左端的数字9表示query从5*端数起，第10个碱基为"T"，而对应的reference为"G";
第2列为"-"时：最左端的数字9表示query先作反向互补，然后从3*端数起，第10个碱基为"T"，而对应的reference为"G";

常见的短序列比对工具有很多，如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点，但同时也具备了一些缺点。权衡利弊，我选择bowtie作为主要的短序列比对工具。它速度很快，比对结果也容易理解。