随着调查的深入，第一小队发现很多不可思议的情况。被掏空内脏的尸体，不明来源的袭击，以及令人毛骨悚然的吼声。这一切的一切预示着整个事件的复杂。随着他们的调查来到了生化危机的起始地，也是整个事件的核心地点——洋馆。事件的深入也给恩里克队长带来很多疑问和想法，直到他们找到一本署名是马库斯的日记才慢慢揭开了事件的真相，洋馆的真实面貌以及整个事件某后的人马库斯。詹姆斯.马库斯是干培所的第一代所长。与斯宾塞，亚当福斯特共同发现了始祖病毒。伞公司的创始人之，也是病毒研究的核心成员。或许是受病毒的成功影响导致自身的膨胀，也许是人内心深处的被唤醒。马库斯的已经不满足于动物实验，开始向人类。因此造成了干培所的大量人员被实验致死。然而自己也因为斯宾塞的恐惧而被扔进了下水道。马库斯的研究初衷是为了通过病毒来改善人类的体质，不否认有很大一部分是军事用途。然而在研究的过程中，由于成功的合成T病毒所带来的急功近利，导致了马库斯的人格变化，不在是一个纯碎的研究者。由于种种因素决定了人类成为地球的顶端，可以任意拿其他物种来做实验。也由于长久以来的道德准则，人权主张，对生命的尊重以及同种类的珍视，让很多事情无法让人类自己去完成。例如病毒的临床实验。不再怎么有道德原则和自我约束力的研究者都会不自觉的想要用人类作为自己的实验对象。爱好实弹射击的人，他们的射击标靶都是木制的，石质的，各种瓶瓶罐罐等。这些标靶不会有任何的危害性。但是不少人会想要把死的标靶换成真人，射击真人会有什么样的感觉。这样的心理和马库斯我想没有太大的区别。
随着马库斯日记的被发现，也带出了另一个令外和震惊的消息。原来当年马库斯被威廉和威斯克推下下水道之后并没有死亡，由于病毒的作用下经过十年的时间从新活了过来。不过不在是以一个单纯的人类形态而存在。他为公司付出了那么多最后却得到的是背叛，他决定要报复公司，报复整个人类世界。他利用了自身的能力发动了洋馆事件，干培所和地下工厂的病毒泄露事件也是马库斯的杰作。作为整个事件的幕后人，也算是生化危机的开端的发起者，马库斯很清楚伞公司是一个什么样的组织，也很明白斯宾塞等人是什么样的人。也就可以说第一小队的意外或多或少的是马库斯为了防止自己的计划被影响而故意为之的。或许作为研究员时期的马库斯没有这样的心机，那时的他应该是一位只想着为人类做点的贡献科学家。而复活后的他不仅仅因为同伴的背叛，也因为病毒的影响人格，性情，思维已经发生天翻地覆的改变。从他进行活体实验的时候就注定了马库斯已经完全改变了自身的一切。人类这个复杂的生命体从来都不会是一层不变，古话是有说过本性难移。没错，在大多数情况下也确实如此。然而在一些极端的环境里人们是可以被改变本性的，残酷的斗争，极端的宗教思想，恶劣的生存环境等都能使人产生前后判若两人的变化。马库斯就是如此，他的蜕变可以说是由病毒造成的。但更深层的是同伴的恐惧背叛，自身心理不断膨胀的欲望，不满足心理的刺激让我们看到了马库斯的演进。生命体的意义就在于传承和演进，当演进出现混乱的时候，这样的演进就会带来不确定的无法想象的未来。
