与传统的其他放射治疗方式相比较，质子治疗有着诸多的优势，具体如下：
①、副作用极小
质子治疗由于质子射线的物理属性，让其实现对病灶的精确治疗，不会出现“脱靶”的情况。因而，质子治疗只会作用病灶不会伤及无辜地方。患者在治疗过程中，也不会出现传统放疗“一损俱损”的情况。
②、精准治疗，效果显著
传统的放射治疗，因为能量不好控制，对人体副作用大，因而都会需要多个疗程进行，并且治疗效果并不十分理想。而质子治疗，不仅能够实现精确治疗，并且在治疗过程中能量几乎无丢失，可实现完全作用肿瘤处，将肿瘤灭杀。因而，质子治疗效果更加的显著。
③、治疗次数少，治疗体验感更好
质子治疗的能量足够强大，因而在尽可能少次数的疗程范围内实现灭杀肿瘤。患者朋友能以最少的治疗次数，获得最佳的治疗效果。因而疗程短，治疗体验感也更好，生活质量也不受影响。

虽然质子治疗的优势如此明显，但是质子治疗也存在着不少的缺点，这些缺点严重影响了质子治疗的普及，已经大众对其的认知，具体如下：
①、治疗费用昂贵
质子治疗属于当今最尖端的放射治疗技术之一，建造一个质子治疗中心花费至少上亿，因而其用于临床治疗的收费十分昂贵。虽然质子治疗可以医治多种癌症肿瘤，但是由于自身经济能力问题，不少患者不得不放弃这种先进的治疗方式。
②、质子治疗医院少
目前全球能生产质子治疗设备的厂家寥寥可数，再加上建造质子治疗中心成本昂贵，因而国内目前质子治疗医院并不多。国外也仅仅是相对国内而言，有一定的规模。