成为研究员的小茂某一天在后院邂逅了有幻之宝可梦之称的梦幻，梦幻随后消失不见。在询问爷爷大木博士后，得知梦幻可能拥有所有宝可梦的基因，从而希望捕捉到梦幻。
成为阿罗拉初代冠军的小智回到家乡真新镇，在与小茂对战之后得知小茂的愿望，而被大木博士聘请为宝可梦研究员，小智与小茂在曾经为冠军的宝可梦博士大木雪城的带领下，在各个地区研究探险的旅程开始了！