经历了五代、辽、金、元的政权更迭，到了明代，新宫一带划入皇家苑囿——南海子，并建有上林苑提督衙署。

到了清朝，南海子改称南苑，顺治十五年（1658年），新衙门与旧衙门一起被改建成行宫，称新衙门行宫，简称新宫，又称西宫，曾为孝庄太后的行宫。

新宫坐北朝南，大宫门北为前殿，三楹，额曰：迩延野绿。二宫门位于前殿北面，屏扆间内曾悬挂《乾隆皇帝大阅图》。

东路最北端有一院落，院落内正殿名为“裕性轩”，为乾隆皇帝的书房。

轩西为澹思书屋，尽管书屋“量地得斋小，非希安膝容”“犹嫌十笏阔，恰置一窗宜”，却深得乾隆皇帝喜爱，因为这里是他幼时读书的地方。

庭院内植有一株玉兰树，姿态秀美，繁花似玉，乾隆朝时树干直径尺余。

随着清王朝的日益衰败，尤其是八国联军攻占北京时，南苑历尽劫难，新宫几乎变成一片废墟。1927年，年久失修的新宫被军阀拆材售卖，其遗址被称为“宫底子”。（在今新宫地铁站北约百米处）

位于宫外的7处公用房和苑户用房，因一直有官员、苑户居住，故而得以保全，共计191间，是新宫村最初的民居用房。

他们先后将田地、住房私自在民间签了房地草契，又到大红门东街的大兴县政府交些钱财，将民间草契换成了官契，自此有了合法的房产、地产，属新宫村的第一代村民，主要是黄、姜、马、陈、阮、郑、徐等老户。

在行宫附近，还有由皇家马厩、果园等处苑户形成的散居住户，后也并入了新宫村。之后又有来自山东、河南、河北等地的贫苦农民相继到此，作为佃户、长工，成了新宫村的第二拨村民。

民国时期，顺天府改为京兆地方。京兆地方拟设置模范村，以供所辖20余县的村落效法。鉴于新宫村、槐房村屋宇整齐、民风淳厚，故将二村合并，设置为京兆第一模范村。

如今，新宫村已完成旧村改造，在原新宫村村址建起了新宫家园小区，村民们搬迁上楼，过上了现代化的城市生活。