中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革自2014年底全面启动，将原有的100多个科技计划（专项、基金等）在科学评估基础上整合成五大类：国家自然科学基金、国家科技重大专项、国家重点研发计划、技术创新引导专项（基金）、基地和人才专项。
将科技部管理的国家重点基础研究发展计划（973计划）、国家高技术研究发展计划（863计划）、国家科技支撑计划、国际科技合作与交流专项，发改委、工信部共同管理的产业技术研究与开发资金，农业部、卫计委等13个部门管理的公益性行业科研专项等，整合形成一个“国家重点研发计划”，首批申报指南于2016年2月16日发布。
根据2024年修订《国家重点研发计划管理暂行办法》， 按照重点专项、项目分层次管理，根据需要，项目下设一定数量的课题。程序如下：有关部门、机构、地方、企业等研究提出重点专项动议。科技部按照立项管理规程要求组织论证和综合平衡后，形成拟立项建议；主责单位牵头编制重点专项实施方案（含概算、专业机构），报科技部、财政部；科技部、财政部组织对重点专项实施方案进行综合论证；科技部向主责单位批复实施方案；主责单位会同相关部门（单位）组织编制重点专项的年度项目申报指南，在全国范围内择优确定项目承担单位； 主责单位负责立项批复，并组织专业机构与项目承担单位签订项目任务书。
===加注==
重点研发计划由科技部主导逐渐变成科技部、中科院、中国工程院、国家基金委、发改委、工信部、国家实验室、核聚变执行中心等单位主责。
由于原来的国家科技计划项目资助力度悬殊，比如国际科技合作与交流专项等项目一般百八十万元，973计划、863计划普遍千万元到数千万元，整合后的国家重点研发计划国拨经费（中央财政经费）也从百万元、数百万元到几千万上亿元不等，政府间国际科技合作创新专项、战略性科技创新合作专项之类普遍百万元到小几百万元；金额较大的项目，其项目负责人一般被称为“国家重点研发计划首席科学家”。